Части центрального подчинения
1. Главный штаб ВВС, Балашиха (Заря), Московская область.
2. 132-й центральный узел связи, Балашиха (Заря), Московская область. Начальник — генерал-майор Сергей Филатов.
3. 8-я авиадивизия особого назначения, Чкаловский, Московская область. Командир — генерал-майор Владимир Беляев.
4. 353-й авиаполк особого назначения, Чкаловский, Московская область. Самолеты Ил-18, Ил-76, Ан-12, Ан-72, Ту-134 и Ту-154. Командир — полковник Александр Шалыгин.
5. 354-й авиаполк особого назначения, Чкаловский, Московская область. Самолеты Ил-18, Ил-76, Ан-12, Ан-72, Ту-134 и Ту-154.
6. 206-я авиабаза особого назначения, Малино, Московская область. Вертолеты Ми-8. Командир — полковник Владимир Грязнов.
7. 223-й летный отряд, Чкаловский, Московская область.
8. Российский государственный научно-исследовательский испытательный центр подготовки космонавтов, Звездный городок, Московская область. Начальник-- генерал-лейтенант Василий Циблиев.
9. 70-й отдельный испытательно-тренировочный авиаполк особого назначения, Чкаловский, Московская область. Самолеты Ил-76.
10. 2457-я авиабаза боевого применения самолетов дальнего радиолокационного обнаружения, Иваново-Северный. Самолеты ДРЛО А-50, А-50М. Командир — подполковник Игорь Плохих.
11. 929-й Государственный летно-испытательный центр, Ахтубинск, Астраханская область. Начальник — генерал-лейтенант Юрий Трегубенков.
12. 13-й воздухоплавательный испытательный центр, Вольск, Саратовская область. Начальник — полковник Алексей Гниденко.
13. 267-й центр подготовки летчиков-испытателей, Ахтубинск, Астраханская область.
14. 368-я отдельная смешанная авиаэскадрилья, Нальчик. Транспортные самолеты Ан-12.
15. 1338-й испытательный центр, Чкаловский, Московская область. Самолеты Ил-22М, Ил-80 и Ил-82.
16. Высокогорный научно-исследовательский испытательный центр авиационной техники и вооружения, Нальчик.
17. 4-й центр боевого применения и переучивания летного состава им. В. П. Чкалова, Липецк. Начальник — генерал-майор Александр Харчевский.
18. 968-й Севастопольский инструкторско-исследовательский смешанный авиаполк, Липецк. Истребители МиГ-29, Су-27, Су-27СМ, Су-30, бомбардировщики Су-24М, Су-24М2, Су-34, разведчики Су-24МР, постановщики помех Су-24МП, штурмовики Су-25, Су-25Т, Су-25СМ. Командир — полковник Сергей Прокофьев.
19. 3958-я гвардейская Керченская авиационная база, Саваслейка, Нижегородская область. Истребители МиГ-31.
20. 4020-я база резерва самолетов, Липецк.
21. 185-й центр боевой подготовки и боевого применения, Астрахань. Начальник — генерал-майор Владимир Градусов.
22. 42-й учебный центр боевого применения, Ашулук, Астраханская область.
23. 116-й учебный центр боевого применения, Астрахань. Истребители МиГ-23, МиГ-29.
24. 344-й центр боевой подготовки и переучивания летного состава армейской авиации, Торжок, Тверская область. Начальник — генерал-майор Александр Черняев.
25. 696-й инструкторско-исследовательский вертолетный полк, Торжок, Тверская область. Вертолеты Ка-50, Ми-28, Ми-8, Ми-24, Ми-26.
26. 92-я инструкторско-исследовательская вертолетная эскадрилья, Клин, Московская область. Вертолеты Ми-8, Ми-24.
27. 924-й центр боевого применения и переучивания личного состава частей беспилотных самолетов, Егорьевск, Московская область.
28. 275-я отдельная исследовательско-инструкторская эскадрилья беспилотных средств разведки, Егорьевск, Московская область. Беспилотные летательные аппараты "Стриж".
29. 11-й учебный центр зенитных ракетных войск, Учхоз (Гатчина-3), Ленинградская область. Начальник — полковник Александр Добровольский.
30. 357-й учебный центр, Белгород. Начальник — полковник Виктор Баранов.
31. 834-й учебный центр войск связи и радиотехнического обеспечения, Новгород (Новоселицы). Начальник — полковник Василий Федосов.
32. 874-й центр подготовки специалистов (расчетов) радиотехнических войск, Владимир. Начальник — полковник Юрий Балабай.
33. 902-й центр подготовки специалистов (расчетов) зенитных ракетных войск, Костерево-1, Владимирская область.
34. Военно-воздушная академия им. Ю. А. Гагарина*, Монино, Московская область. Начальник — генерал-полковник Аркадий Барсуков.
35. Военно-воздушная инженерная академия имени профессора Н. Е. Жуковского*, Москва. Начальник — генерал-лейтенант Анатолий Максимов.
36. Военная академия воздушно-космической обороны им. маршала Советского Союза Г. К. Жукова, Тверь. Начальник — генерал-лейтенант Олег Балаян.
37. Воронежское высшее военное авиационное инженерное училище (военный институт), Воронеж. Начальник — генерал-майор Геннадий Зибров.
38. Ейское высшее военное авиационное училище (военный институт), Ейск, Краснодарский край. Начальник — генерал-майор Евгений Кругликов.
39. Иркутское высшее военное авиационное инженерное училище (военный институт), Иркутск, Иркутская область. Начальник — генерал-майор Игорь Величко.
40. Краснодарское высшее военное авиационное училище летчиков (военный институт), Краснодар. Начальник — полковник Валерий Лашко.
41. 704-й учебный авиаполк, Котельниково, Волгоградская область. Учебные самолеты Л-39.
42. 627-й гвардейский учебный авиаполк, Тихорецк, Краснодарский край. Учебные самолеты Л-39.
43. 797-й учебный авиаполк, Кущевская, Краснодарский край. Учебные самолеты Л-39, Су-25, Су-27, МиГ-29.
44. 783-й учебный авиационный центр, Армавир, Краснодарский край. Начальник — полковник Юрий Семянив.
45. 713-й учебный авиаполк, Армавир, Краснодарский край. Учебные самолеты Л-39, МиГ-29.
46. 761-й учебный авиаполк, Майкоп. Учебные самолеты Л-39, МиГ-23.
47. 785-й учебный авиационный центр, Балашов, Саратовская область.
48. 606-й учебный авиаполк, Балашов, Саратовская область. Учебные самолеты Ан-26.
49. 666-й учебный авиаполк, Ртищево, Саратовская область. Учебные самолеты Л-410 и Ан-26.
50. 786-й учебный авиационный центр, Борисоглебск, Воронежская область.
51. 160-й учебный авиаполк, Борисоглебск, Воронежская область. Учебные самолеты Су-27.
52. 644-й учебный авиаполк, Мичуринск, Тамбовская область. Учебные самолеты Л-39, Су-24, Су-25, МиГ-29.
53. Санкт-Петербургское высшее военное училище радиоэлектроники (военный институт), Санкт-Петербург.
54. Ставропольское высшее военное авиационное инженерное училище (военный институт), Ставрополь. Начальник — генерал-майор Дмитрий Медяный.
55. Сызранское высшее военное авиационное училище летчиков (военный институт), Сызрань, Самарская область. Начальник — генерал-майор Виктор Уколов.
56. 131-й учебный вертолетный полк, Саратов (Сокол). Вертолеты Ми-2, Ми-8.
57. 484-й учебный вертолетный полк, Сызрань (Троекуровка), Самарская область. Вертолеты Ми-24.
58. 626-й учебный вертолетный полк, Пугачев, Саратовская область. Вертолеты Ми-2, Ми-8, Ми-24.
59. Тамбовское высшее военное авиационное инженерное училище радиоэлектроники (военный институт), Тамбов. Начальник — полковник Евгений Халдин.
60. Челябинское высшее военное авиационное училище штурманов (военный институт), Челябинск-15. Начальник — и. о. полковник Евгений Салтанов.
61. 604-й учебный авиаполк, Шагол (Челябинск), Челябинская область. Учебные самолеты Ту-134УБЛ.
62. Ярославское высшее зенитное ракетное училище противовоздушной обороны (военный институт), Ярославль. Начальник — генерал-майор Владимир Мартынов.
63. Центральная авиационная база ракетного вооружения и боеприпасов, Сергиев Посад, Московская область.
64. Авиационный склад ракетного вооружения и боеприпасов, Йошкар-Ола.
65. База снабжения и хранения зенитного ракетного вооружения, Серпухов, Московская область.
66. База хранения и ремонта беспилотных летательных аппаратов, Ярославль (Туношна).
67. 502-й завод по ремонту военно-технического имущества, Фрязево (Ногинск-5), Московская область.
68. 1015-й завод по ремонту военно-технического имущества, Нижние Серги-3, Свердловская область.
69. 1019-й завод по ремонту военно-технического имущества, Онохой-2, Бурятия.
70. 1253-я центральная ремонтная база радиолокационного вооружения, Самара-28.
71. 2227-я база ремонта и хранения вооружения, Трудовая, Московская область.
72. 2503-я центральная ремонтная база автоматизированных систем управления, Янино-1, Ленинградская область.
73. 2529-я центральная база ремонта вооружения, Хабаровск.
74. 2633-я база ремонта и хранения вооружения, Люберцы, Московская область.
75. 3821-я база ремонта и хранения вооружений, Тосно, Ленинградская область.
76. 20-й авиационный ремонтный завод, Пушкин-3, Ленинградская область.
77. 150-й авиационный ремонтный завод, Люблино-Новое, Калининградская область.
78. 419-й авиационный ремонтный завод, Горелово, Ленинградская область.
79. 695-й авиационный ремонтный завод, Арамиль, Свердловская область.
80. 99-й завод авиационно-технологического оборудования, Остафьево (Щербинка), Московская область.
81. 2-й Центральный научно-исследовательский институт Министерства обороны РФ, Тверь. Начальник — генерал-майор Сергей Ягольников.
82. 13-й Государственный научно-исследовательский институт Министерства обороны РФ, Люберцы-3, Московская область. Начальник — генерал-майор Александр Крутилин.
83. 30-й Центральный научно-исследовательский институт Министерства обороны РФ, Щелково-10, Московская область. Начальник — полковник Юрий Балыко.
84. Государственный научно-исследовательский институт авиационной и космической медицины, Москва. Начальник — генерал-майор Игорь Ушаков.
85. 5-й центральный военный научно-исследовательский авиационный госпиталь, Красногорск-3, Московская область.
86. 7-й центральный военный научно-исследовательский авиационный госпиталь, Москва.
87. Санаторий ВВС, Чемитоквадже, Краснодарский край. Начальник — полковник Федор Баранцев.
88. Центральный спортивный клуб ВВС, Самара. Начальник — полковник Дмитрий Шляхтин.
89. 361-й центр психофизиологической подготовки личного состава, Агой, Краснодарский край.
90. 709-й центр психофизиологической подготовки личного состава, Анапа, Краснодарский край.
91. 464-й учебно-тренировочный центр физкультуры и спорта, Уфа, Башкирия.
*Согласно распоряжению правительства РФ N283-р от 7 марта 2008 года, с 1 сентября 2008 года обе академии объединяются в единую структуру — Военно-воздушную академию имени профессора Н. Е. Жуковского и Ю. А. Гагарина, которая будет располагаться в городе Монино Московской области.