В мае 1997 года Главная военная прокуратура обвинила экс-начальника главного квартирно-эксплуатационного управления Минобороны генерал-полковника Николая Котылева в злоупотреблении полномочиями. По его указанию была занижена стоимость дачи, приватизированная главкомом сухопутных войск Владимиром Семеновым. В том же году Котылев приговорен к 2,5 годам условно и штрафу.
26 июня 2001 года в "Новой газете" вышла статья Анны Политковской "Генералы — олигархи", в которой замминистра обороны по строительству и расквартированию генерал-полковник Александр Косован обвинялся в "использовании государственных структур в целях обогащения". Позже в СМИ еще несколько раз появлялись сообщения о злоупотреблениях в структурах, подчиненных господину Косовану, однако официально они не подтверждались.
20 ноября 2007 года на совещании руководящего состава вооруженных сил президент России Владимир Путин подверг резкой критике работу службы расквартирования и обустройства Минобороны. На следующий день начальник службы генерал-лейтенант Анатолий Гребенюк был отправлен в отставку.
21 февраля 2008 года в своем служебном кабинете застрелился исполняющий обязанности начальника службы расквартирования и обустройства Минобороны генерал-полковник Виктор Власов. Как рассказали источники в военном ведомстве, накануне самоубийства генерала вызывал к себе министр обороны Анатолий Сердюков, который, вероятно, дал неудовлетворительную оценку его работе.
6 ноября 2008 года главный военный прокурор Сергей Фридинский заявил о возбуждении дела по факту финансовых махинаций в управлении обустройства войск Минобороны. По версии прокуратуры, бывший руководитель управления генерал-лейтенант Сергей Двулучанский незаконно передал своему сыну-предпринимателю в кредит 163 млн руб., предназначавшиеся на строительство жилья военнослужащим.