С 1994 года по процедуре, описанной в законе "О статусе члена Совета Федерации и статусе депутата Государственной Думы", иммунитета лишились только два депутата.
В июне--декабре 1994 года и. о. генпрокурора Алексей Ильюшенко трижды обращался в Госдуму с представлением о лишении депутатской неприкосновенности главы фракции ЛДПР Владимира Жириновского. Генпрокуратура намеревалась привлечь депутата к уголовной ответственности за пропаганду войны, содержащуюся в его книге "Последний бросок на юг": вышедшее в октябре 1993 года издание обосновывало необходимость переноса южной границы России к Индии и Средиземному морю. В нем содержалась ставшая знаменитой фраза о русском солдате, который должен "омыть свои сапоги теплой водой Индийского океана". Сам депутат, комментируя обвинения прокуратуры, заявлял, что имел в виду выход России к Индийскому океану "мирным путем с помощью лишь экономических и правовых рычагов". 15 декабря 1994 года на заседании Госдумы запрос был отклонен. За лишение неприкосновенности проголосовали 84 депутата, против — 90.
В декабре 1994 года Генпрокуратура обратилась в Госдуму с представлением о лишении иммунитета Вячеслава Марычева (ЛДПР), Егора Гайдара и Сергея Юшенкова (оба — фракция "Выбор России") для привлечения их к административной ответственности за проведение незаконных митингов. 11 и 12 декабря на Пушкинской площади прошли несколько акций протеста против введения войск в Чечню. На них сторонники демократов призывали Бориса Ельцина отмежеваться от "партии войны", а коммунисты и патриоты шли под лозунгом "Банду Ельцина под суд!". Сами депутаты утверждали, что проводили на площади "встречи с избирателями". 20 января 1995 года Госдума отклонила запрос. В том же году Генпрокуратура еще дважды пыталась снять неприкосновенность с депутата Марычева. В феврале его обвинили в самовольном вселении в пустующие квартиры своих избирателей-очередников, в августе — в избиении замглавы администрации Василеостровского района Санкт-Петербурга Сергея Алешина. Депутат воспринял угрозу уголовного преследования с юмором. После первого запроса он заявил: "Я готов отсиживать свой срок, воду совсем не пью, готовлюсь, хожу по коридору Госдумы в телогрейке". После второго Марычев появился на публике в шапке-ушанке и в майке с надписью "Век Думы не видать!". Оба запроса депутаты отклонили. Другой фигурант дела о митингах, Егор Гайдар, наоборот, впоследствии неоднократно выступал за отмену депутатского иммунитета. Он утверждал, что в противном случае Госдума может превратиться в "самый высокопоставленный сходняк криминального мира".
В декабре 1994 года и феврале 1995 года в Госдуму были направлены представления на лишение иммунитета члена фракции ЛДПР Сергея Скорочкина, обвинявшегося в двойном убийстве. В мае 1994 года пьяный парламентарий в Зарайске расстрелял из автомата Калашникова хирурга Ираклия Шанидзе и его знакомую Оксану Гусеву. Первоначально он утверждал, что убил врача из самообороны, отобрав у него автомат, а девушка стала случайной жертвой перестрелки. Однако следствие установило, что депутат намеренно расстрелял Шанидзе за то, что тот не освободил дорогу его "Волге", а его знакомую убрал как свидетельницу. Первый запрос прокуратуры депутаты рассматривать не стали, второй не успели. В ночь на 2 февраля 1995 года Сергей Скорочкин был похищен и убит. Как выяснилось позже, депутата "заказал" бывший партнер по бизнесу, который задолжал ему $388 тыс.
В марте 1995 года Генпрокуратура обратилась в Думу с представлением о лишении иммунитета независимого депутата Сергея Мавроди, обвинявшегося в сокрытии от налогообложения 25 млрд руб. прибыли одной из входящих в структуру АО МММ компаний. 7 апреля 1995 года на заседании в Госдуме для отмены неприкосновенности не хватило 17 голосов: за выступили 283 депутата при необходимом минимуме в 300 голосов. Мавроди прокомментировал исход голосования так: "Я рад, что меня не сдали. Прошу одного, чтобы меня оставили в покое". Однако через полгода, 6 октября 1995 года, парламентарии по собственной инициативе лишили своего коллегу мандата "в связи с нарушением условий осуществления депутатской деятельности". Решение было принято на основании документов из налоговых органов, подтверждающих, что после избрания в Госдуму Сергей Мавроди продолжал заниматься предпринимательской деятельностью в АО МММ. На этот раз проголосовали за 303 депутата. В 1996 году следствие по уголовным делам в отношении экс-депутата было возобновлено, однако задержали его только 31 января 2003 года. 28 апреля 2007 года Мавроди был приговорен к 4,5 годам лишения свободы за крупное мошенничество, однако уже 22 мая 2007 года вышел на свободу (суд зачел в срок заключения пребывание в СИЗО). Дело о неуплате налогов было прекращено за истечением срока давности.
21 апреля 1995 года Генпрокуратура попросила лишить неприкосновенности независимого депутата Сергея Станкевича, подозреваемого в получении взятки при отягчающих обстоятельствах. В десятистраничном представлении и. о. генпрокурора Ильюшенко утверждалось, что в 1992 году Станкевич, занимавший тогда пост заместителя председателя Моссовета и помощника президента РФ, получил $10 тыс. за содействие в организации и проведении Международного оперного фестиваля "Красная площадь приглашает". Сам Станкевич заявлял, что полученные им деньги были гонораром за чтение лекций в Лондоне и были потрачены на лечение за границей сына одного из его избирателей. 26 апреля Госдума отклонила запрос: за лишение иммунитета проголосовали 130 депутатов при необходимых 300 голосах. Незадолго до истечения срока своих депутатских полномочий Сергей Станкевич покинул Россию, чтобы, как он сам говорил, не стать "жертвой политической расправы". В феврале 1996 года он был объявлен в розыск и в апреле 1997 года задержан в Варшаве. Польские власти отклонили запрос России об экстрадиции экс-депутата и предоставили ему статус политэмигранта. В декабре 1999 года дело было закрыто.
В ноябре 1996 года генпрокурор Юрий Скуратов направил в Совет федерации представление о лишении неприкосновенности председателя заксобрания Санкт-Петербурга Юрия Кравцова, которого обвиняли в соучастии в хищении госсредств, получении взятки и подстрекательстве к совершению подлога. Все обвинения были связаны с ремонтом его пятикомнатной квартиры за счет средств города. Департамент по содержанию жилфонда мэрии Петербурга выделили на него 350 млн неденоминированных рублей, рассчитывая в ответ с помощью сенатора добиться выделения из городского бюджета дополнительных средств на свои нужды. Работы, включая установку джакузи, подогреваемых полов и подвесных потолков, оформили по статье "ремонт аварийного жилья". Сам сенатор заявлял, что дело "политическое" и направлено на "дестабилизацию обстановки в городе". 14 ноября 1996 года Совет федерации отклонил запрос генпрокурора: за проголосовали только 12 сенаторов, против — более 70. Дело было закрыто.
11 сентября 1998 года Юрий Скуратов обратился в Госдуму с представлением о лишении неприкосновенности независимого депутата Надиршаха Хачилаева, обвинявшегося в организации массовых беспорядков в Дагестане в мае 1998 года. Инцидент, начавшийся с перестрелки между милиционерами и охранниками парламентария и его брата Магомеда, перерос в стихийный митинг, в ходе которого сторонники влиятельного дагестанского клана Хачилаевых захватили здание Госсовета в Махачкале, вывесили на нем зеленый исламский флаг и потребовали смены руководства республики. Для подавления мятежа в город перебросили спецгруппу "Альфа". Беспорядки прекратились только после переговоров братьев с главой МВД Сергеем Степашиным, который пообещал не преследовать участников. 18 сентября 1998 года Хачилаев был лишен неприкосновенности — за снятие иммунитета проголосовали 226 депутатов. Этого оказалось достаточно, поскольку в новом регламенте Госдумы решение о лишении иммунитета принималось уже не 2/3, а простым большинством голосов. При этом сам Хачилаев и еще несколько думцев утверждали, что результаты были "сфальсифицированы", и не все проголосовавшие за в этот момент находились в зале. Надиршах Хачилаев скрывался в Дагестане и в Чечне и был задержан в октябре 1999 года. 13 июня 2000 года он был приговорен Верховным судом Дагестана к полутора годам тюрьмы и освобожден в зале суда по амнистии. 11 августа 2003 года экс-депутат был убит в Махачкале.
30 октября 2001 года в Госдуму поступило представление генпрокурора Владимира Устинова о лишении иммунитета члена фракции СПС Владимира Головлева. Депутату инкриминировались нарушения при приватизации в Челябинской области, где в середине 1990-х он возглавлял комитет по управлению госимуществом (КУГИ). Возбужденное в 1996 году дело состояло из нескольких эпизодов, включая хищение средств от продажи трехпроцентного пакета акций Магнитогорского металлургического комбината и деятельность нескольких инвестфондов, аккумулировавших и реализовавших акции 89 промпредприятий области и ваучеры около 260 тыс. челябинцев. По данным прокуратуры, часть незаконно полученных денег экс-глава челябинского КУГИ потратил на строительство нескольких коттеджей в Московской области и свою избирательную кампанию. 1 ноября 2001 года парламентарии 387 голосами дали согласие на привлечение Головлева к уголовной ответственности, однако не разрешили подвергать его аресту. Сам депутат заявил, что Дума действовало по "жесткому указанию из Кремля", недовольного его "хорошими отношениями" с Борисом Березовским и деятельностью по созданию оппозиционного движения "Либеральная Россия". Генпрокуратура предъявила Головлеву обвинение в мошенничестве и злоупотреблении служебным положением, а позже еще и в получении взятки. Пока продолжалось следствие, он находился под подпиской о невыезде. 21 августа 2002 года депутат, выгуливавший собаку, был застрелен у своего дома в Москве.
6 ноября 2003 года Красноярский крайсуд по запросу Генпрокуратуры признал незаконным решение заксобрания Эвенкийского автономного округа об избрании экс-президента компании "ЮКОС-Москва" Василия Шахновского своим представителем в Совете федерации. Шахновский, обвинявшийся в уклонении от уплаты налогов, был избран сенатором на чрезвычайной сессии заксобрания за десять дней до этого и даже не успел приступить к исполнению своих полномочий. Первоначально его адвокаты планировали оспорить в Верховном суде доводы прокуратуры, ссылавшейся в своем представлении на нарушения процедуры избрания. Однако 24 ноября Василий Шахновский направил депутатам заксобрания письмо с просьбой о прекращении его полномочий, поскольку "сложившаяся вокруг его имени ситуация" не позволяет "достойно представлять интересы Эвенкии" в Совете федерации. 5 февраля 2004 года Мещанский райсуд Москвы приговорил его к одному году тюрьмы за неуплату налогов на сумму 28,5 млн руб. и освободил от наказания "в связи с изменением обстановки".
26 апреля 2005 года Генпрокуратура направила в Думу представление о лишении неприкосновенности вице-спикера Владимира Жириновского, депутатов Сергея Абельцева, Алексея Островского, Игоря Лебедева (все — ЛДПР) и Андрея Савельева ("Родина") для привлечения их к административной ответственности за драку. Поводом для потасовки на пленарном заседании 30 марта 2005 года стал демарш фракции ЛДПР, решившей покинуть зал в знак протеста против лишения партии регистрации на выборах в Ямало-Ненецком автономном округе. На выходе Жириновский вступил в диалог, а затем сцепился с Савельевым. К дерущимся депутатам присоединились около двух десятков соратников. По итогам потасовки депутат Савельев отделался порванным пиджаком, а вице-спикер Жириновский лишением права слова на месяц. Прокуратура квалифицировала действия парламентариев, "демонстративно нарушивших общественный порядок", как "мелкое хулиганство", предусматривающее в качестве наказания штраф или 15 суток ареста. В ходе предварительного обсуждения вопроса глава думской мандатной комиссии Геннадий Райков заметил, что снимать неприкосновенность ради административного дела несерьезно, а спикер Борис Грызлов добавил: "Административным методом мы их сами накажем". 18 мая 2005 года Госдума этот запрос отклонила (за проголосовали лишь 50 депутатов).
4 мая 2007 года генпрокурор Юрий Чайка направил в Госдуму сразу два представления — в отношении депутатов Евгения Ройзмана ("Справедливая Россия") и Павла Анохина ("Единая Россия"). С просьбой о возбуждении уголовного дела по ст. 116 УК РФ ("Побои") в отношении справоросса Ройзмана в прокуратуру обратился его коллега по фракции Евгений Зяблицев. 4 октября 2006 года оба депутата, баллотировавшиеся в Свердловскую облдуму от Российской партии жизни и партии "Родина", подрались во время предвыборных дебатов в студии "Радио Урал". Потасовку начал Ройзман, выплеснув на оппонента стакан воды в ходе обсуждения вопроса о монетизации льгот. В своем блоге он объяснил, что надавал "водоросли с голубыми глазами" пощечин "за ложь, подлость и за то, что он меня оскорбил". Дело о побоях Ройзман расценил как политическое и направленное на то, чтобы помешать ему "баллотироваться в Госдуму на предстоящих в декабре парламентских выборах". Эту точку зрения разделяли и другие справороссы, исключившие Зяблицева из фракции за провокационные действия. Единоросс Павел Анохин обвинялся в фальсификации доказательств и ложном доносе на бывшего бизнес-партнера, совладельца финансово-промышленной группы ДАН Михаила Деменева. По версии следствия, депутат фальсифицировал направленные в арбитражный суд документы о распределении долей в компании, а также необоснованно обвинил компаньона в хищении $20 млн при продаже активов ДАНа. В январе 2007 года коллегия Верховного суда по запросу Генпрокуратуры подтвердила наличие в действиях депутата признаков этих преступлений. Сам Павел Анохин в заявлении на имя Бориса Грызлова назвал все обвинения "незаконными, необоснованными и немотивированными". На заседании 26 июня 2007 года Госдума приняла решение запросить у Генпрокуратуры дополнительные материалы по обоим представлениям. В частности, депутатов интересовали аудио- и видеозаписи конфликта на "Радио Урал" и решения арбитражных судов с участием Анохина. Больше к этому вопросу думцы не возвращались.
9 июня 2006 года Народный хурал Калмыкии по представлению спикера Совета федерации Сергея Миронова досрочно отозвал своего представителя Левона Чахмахчяна. Неделей ранее сенатор был задержан в ходе спецоперации ФСБ после получения портфеля меченых купюр на сумму $300 тыс. от главы совета директоров авиакомпании "Трансаэро" Александра Плешакова. По версии следствия, за эти деньги зять Чахмахчяна, работавший в Счетной палате, должен был исключить негативную информацию из акта проверки компании. Сам сенатор называл происшедшее провокацией и утверждал, что не знал о содержимом кейса. 8 декабря Верховный суд на выездном заседании в ОАО "Медицина", где Левон Чахмахчян лечился от гипертонии, разрешил его привлечение к уголовной ответственности. 1 февраля 2007 года экс-сенатор был принудительно доставлен из больницы в Басманный суд, который санкционировал его арест. 17 июля 2008 года он был приговорен к девяти годам колонии за мошенничество в особо крупном размере, позже срок был сокращен до 7,5 лет.
5 июля 2007 года в Госдуму поступило представление о лишении иммунитета депутата от ЛДПР Рифата Шайхутдинова. Генпрокуратура намеревалась привлечь его к ответственности за умышленное банкротство Главного агентства воздушных сообщений (ГУП) и присвоение госимущества. Госкомпания, которую до своего избрания в Думу возглавлял Шайхутдинов, была ликвидирована в 2003 году. Как установило следствие, руководство ГУП путем ряда сделок "умышленно создало неплатежеспособность предприятия перед группой коммерческих структур", к которым после банкротства перешло госимущество. В феврале 2007 года Верховный суд дал заключение о наличии в действиях депутата состава преступления. Однако депутаты своего решения по представлению так и не вынесли. 12 февраля 2009 года глава СКП Александр Бастрыкин констатировал, что представление Генпрокуратуры до сих пор не рассмотрено и это "препятствует привлечению депутата к уголовной ответственности за причинение многомиллиардного ущерба государственному унитарному предприятию".
30 ноября 2006 года госсобрание Башкирии проголосовало за прекращение полномочий сенатора Игоря Изместьева. Формальным основанием отзыва называлась его "предпринимательская деятельность". В действительности он оказался замешан в ряде скандалов: СМИ обвиняли его в налоговых нарушениях, организации дачи взятки сотруднику ФСБ и связях с кингисеппской преступной группировкой. Сенатор назвал голосование предвзятым и заявил, что будет отстаивать свою правоту. На его сторону встал спикер СФ Сергей Миронов, посчитавший, что решение башкирские депутаты приняли с нарушением процедуры. Тем не менее 13 декабря Изместьев без объяснения причин написал заявление об отставке и уехал за границу. В январе 2007 года он был задержан сотрудниками ФСБ в Киргизии, вывезен в Москву и обвинен в организации двух убийств. По версии следствия, экс-сенатор руководил кингисеппской группировкой. Впоследствии его обвинили в организации еще двух убийств, покушения на сына президента Башкирии Урала Рахимова, терроризме и даче взятки.