В январе 2001 года Генпрокуратура возбудила уголовное дело в отношении бывшего заместителя главы Госкомрыболовства Михаила Дементьева. Следствие установило, что в 2000 году чиновник, превысив полномочия, выделил квоты ряду компаний, чем нанес государству вред на сумму более $1,5 млн. 20 февраля 2002 года он приговорен к пяти годам лишения свободы. Расследование о злоупотреблениях в ведомстве велось и против его начальника — главы Госкомрыболовства Юрия Синельника, однако обвинения ему не предъявлялись.
25 ноября 2002 года Генпрокуратура в рамках расследования убийства губернатора Магаданской области Валентина Цветкова возбудила дело о хищении биоресурсов Охотского моря. В начале 2003 года обвинения предъявили двум заместителям главы Госкомрыболовства — Юрию Москальцову и Леониду Холоду, а также директору МагаданНИРО Александру Рогатных и предпринимателю Виктории Тихачевой. По версии следствия, они мошенническим путем добились увеличения квот на вылов в научных целях краба и трубача, чем нанесли государству ущерб на $38,5 млн. Обвинение с господина Холода позже сняли, другие фигуранты 13 апреля 2004 года получили три и четыре года колонии. 24 августа 2004 года Верховный суд отменил приговор, оправдав господина Рогатных и назначив другим обвиняемым условные сроки.
3 июня 2006 года следователи Моспрокуратуры задержали председателя ликвидационной комиссии Госкомрыболовства Александра Тугушева. Чиновнику и трем его сообщникам предъявили обвинения в мошенничестве и подстрекательстве к даче взятки. За $3,7 млн они обещали компании "Поллукс" добиться выделения ей дополнительных квот на вылов рыбы и морепродуктов, но обещания не выполнили, а деньги присвоили. 15 февраля 2007 года Александр Тугушев получил шесть лет колонии, другие фигуранты — по пять с половиной лет.