26 ноября 1991 года президент России Борис Ельцин издал указ об образовании на основе КГБ РСФСР Агентства федеральной безопасности (АФБ). Директором агентства был назначен Виктор Иваненко, председатель КГБ РСФСР. Основной задачей своего ведомства Иваненко считал борьбу с мафией. Спустя месяц Ельцин издал указ об образовании Министерства безопасности и внутренних дел (МБВД), в состав которого вошли упраздненные МВД России и СССР, Межреспубликанская служба безопасности и АФБ. Иваненко, узнав об указе, пригрозил подать в отставку. Но не успел: руководителем нового ведомства президент назначил главу МВД Виктора Баранникова.
Виктор Баранников (январь 1992 г.— июль 1993 г.)
Баранников руководил "демократическим НКВД", как прозвали МБВД в народе, всего несколько недель: Конституционный суд признал указ о создании МБВД незаконным. Баранников стал директором АФБ, впоследствии переименованного в Министерство безопасности. Министр активно занялся сбором компромата как на противников президента, так и на его окружение. Под давлением последнего Ельцин летом 1993 года и отправил Баранникова в отставку. Формальным поводом для этого стали "недоработки в руководстве погранвойсками", которые привели к гибели российских пограничников на таджикско-афганской границе, а также "нарушение этических норм". В вину министру вменялось использование служебного самолета для полета его жены в Швейцарию и сделанные ей там покупки на несколько тысяч долларов.
Николай Голушко (сентябрь 1993 г.— март 1994 г.)
В сентябре 1993 года министром безопасности стал Николай Голушко. Бывший сотрудник 5 Главного управления КГБ СССР (политический сыск), Голушко заявил, что главной задачей считает "активное воздействие на политические партии и движения, деятельность которых угрожает безопасности страны". Но получалось у него это плохо: несмотря на то что после октябрьских событий 1993 года Голушко был награжден орденом "За личное мужество", Ельцин остался недоволен работой МБ. Оно было преобразовано в Федеральную службу контрразведки, напрямую подчиненную президенту. В состав нового ведомства не вошли погранвойска (они получили статус самостоятельной федеральной службы) и следственный аппарат — он был передан Министерству внутренних дел. В конце февраля 1994 года Голушко написал прошение об отставке.
Сергей Степашин (март 1994 г.— июль 1995 г.)
В марте 1994 года директором ФСК был назначен Сергей Степашин. Первым делом он провел в своем ведомстве кадровую "чистку": в результате переаттестации был уволен почти каждый десятый сотрудник ФСК. Степашин считал своими главными задачами борьбу со шпионажем, терроризмом, наркомафией и коррупцией. Ему удалось вернуть в свое ведомство следственный аппарат и переименовать его в Федеральную службу безопасности. Однако бороться ему пришлось не со шпионажем и коррупцией, а с "незаконными вооруженными формированиями". Степашин активно поддержал идею введения войск в Чечню. После событий в Буденновске в июле 1995 года Степашин по требованию Госдумы был отправлен в отставку.
Михаил Барсуков (июль 1995 г.— июнь 1996 г.)
В августе 1995 года руководителем ФСБ был назначен один из лучших друзей президента — Михаил Барсуков. Вопреки опасениям кадровых чекистов он не стал проводить массовых "чисток" и даже добился повышения должностных окладов в ФСБ. С чеченскими боевиками Барсуков боролся ненамного успешнее своего предшественника: именно он руководил операцией по уничтожению отряда Салмана Радуева в Первомайском и не смог не только уничтожить, но даже задержать боевиков. Но уволили его не за это. Вместе с главой Службы безопасности президента Александром Коржаковым и первым вице-премьером Олегом Сосковцом он был отправлен президентом в отставку по требованию Чубайса, возмущенного задержанием в Белом доме Сергея Лисовского и Аркадия Евстафьева, которые несли коробку с $500 тыс.
Николай Ковалев (июль 1996 г.— июль 1998 г.)
"Его, как крепкого профессионала, но политически нейтрального человека, скорее всего поберегут до спокойных времен",— так оценивали вероятность назначения Николая Ковалева директором ФСБ. Но особого выбора у президента не было, и 9 июля 1996 года Ковалев был назначен главой ведомства. Ковалев старался держаться в тени и не досаждал руководству своими проблемами и просьбами. Однако Ельцин не считал его преданным человеком и при первом же серьезном обострении политической ситуации отправил в отставку.
Владимир Путин (июль 1998 г.)
Бывшего разведчика Владимира Путина Ельцин счел именно тем человеком, который его не подведет. Официально перед Путиным поставлена задача усиления борьбы с экономическими преступлениями. На самом же деле ему предстоит в первую очередь обеспечить переизбрание Бориса Ельцина на третий срок или, если президент не станет участвовать в выборах, передачу власти его преемнику.