24 августа 2004 года в небе над Тульской и Ростовской областями террористки-смертницы с разницей в три минуты взорвали пассажирские самолеты Ту-134 и Ту-154, выполнявшие рейсы из аэропорта Домодедово в Волгоград и Сочи. Погибли 88 человек. В апреле 2005 года сотрудник авиакомпании S7 Николай Коренков и билетный спекулянт Армен Аратюнян получили по полтора года колонии-поселения за то, что помогли террористкам попасть на борт самолета. В июне 2005 года за халатность семь лет колонии общего режима получил бывший сотрудник ЛОВД аэропорта Михаил Артамонов, отпустивший задерживавшихся для проверки смертниц. В 2006 году суд снизил ему срок на один год.
29 июля 2007 года сразу после вылета из Домодедово грузовой самолет Ан-12 авиакомпании "Атран" попал в стаю птиц. Из строя вышли два двигателя из четырех, и самолет упал в лес в 4 км от ВПП. Погибли все семь человек экипажа.
26 декабря 2010 года из-за обледенения и обрыва электропроводов аэропорт был на несколько дней обесточен, что привело к отмене более 400 рейсов и задержке до 20 тыс. пассажиров. После этого был переведен на другую должность директор аэропортового комплекса Домодедово Вячеслав Некрасов, однако в аэропорту его уход не связали с коллапсом. Евгений Козичев