В январе 1999 года правоохранительные органы начали расследование сделок АвтоВАЗа по закупке песка в Дагестане. Выяснилось, что в 1996-1998 годах "дочки" автогиганта покупали крупные партии якобы для перепродажи, страхуя сделки в компании "Константа". Не найдя покупателя, они получили страховое возмещение за вычетом 2,2 млрд руб. НДС, которые потребовали у государства. В результате расследования сделки были аннулированы, но до суда "песчаное дело" не дошло.
В июне 2002 года ГУВД Ростовской области возбудило дело о мошенничестве в отношении экс-гендиректора ОАО "Тагмет" Сергея Бидаша и бухгалтера Владимира Орлова. Их обвинили в незаконном получении возмещения по НДС на 107 млн руб. за поставки в Латвию 800 тонн битых бутылок под видом мозаичного стекла. В ноябре 2006 года они получили шесть и четыре года тюрьмы соответственно.
В августе 2004 года самарская прокуратура завела дело на руководителей ОАО "Волготанкер" о незаконном возмещении НДС с 1999 года на сумму 988 млн руб. Компания получала платежи из бюджета, выставляя себя перевозчиком грузов, хотя лишь сдавала суда в аренду. Позже претензии выросли до 9,5 млрд руб. В октябре 2007 года четыре топ-менеджера получили от условного срока до семи лет заключения. Трое фигурантов скрылись. "Волготанкер" обанкрочен по иску налоговиков.
В декабре 2007 года УВД Курской области завело дело на гендиректора корпорации "ГриНН" Николая Грешилова. Он подозревался в том, что якобы добился вычета по НДС на 17,6 млн руб., так как эти средства не были уплачены в бюджет московским контрагентом корпорации. В декабре 2009 года дело было закрыто после того, как арбитраж признал ничтожными претензии налоговиков, по которым милиция возбудила дело.
В апреле 2008 года был арестован бывший гендиректор ярославского футбольного клуба "Шинник" Владимир Шепель. Его обвинили в незаконном возврате НДС на 7 млн руб. и попытке получить еще 18 млн руб. с помощью фиктивных договоров о приобретении игроков. В октябре 2009 года он приговорен к семи годам, позже срок снизили до пяти с половиной лет.