28 октября 2002 года, через два дня после теракта на Дубровке (погибли 130 заложников), оперативники переправили из больницы в СИЗО одну из зрительниц мюзикла "Норд-Ост" — чеченку Яху Несерхоеву, в которой якобы опознали одну из террористок. 5 ноября того же года ее признали заложницей и освободили, не предъявив никаких обвинений.
В феврале 2003 года в Москве был задержан 26-летний Ханали Умаханов — предполагаемый исполнитель теракта в Каспийске, который в мае 2002 года унес жизни 43 человек. Ему предъявили обвинения по восьми статьям УК РФ, в том числе "Терроризм" и "Убийство". В 2006 году после нескольких процессов Верховный суд России оправдал его по всем пунктам обвинения, после чего лжетеррорист отсудил у Минфина 3 млн руб. за незаконное уголовное преследование.
3 ноября 2004 года в Нальчике задержали 16-летнюю Марину Коригову. ФСБ заподозрила ее в связях с террористами, устроившими в сентябре того же года захват школы в Беслане (погибли 334 человека),— в памяти сим-карты одного из боевиков несколько раз встречался номер телефона девушки. Через месяц с нее сняли все подозрения и освободили без предъявления обвинений.
16 августа 2007 года, через три дня после подрыва поезда "Невский экспресс" (пострадали 60 пассажиров), по подозрению в этом теракте были задержаны члены "Питерской лиги анархистов" Андрей Каленов и Денис Зеленюк, а позднее — житель Новгородской области чеченец Хасан Дидигов. В сентябре того же года их всех отпустили без предъявления обвинений. Андрей Каленов позже подал иск, требуя 1 млн руб. за несправедливый арест, но он не был принят к рассмотрению.
В сентябре 2010 года по подозрению в помощи террористу-смертнику, устроившему 9 сентября взрыв на рынке Владикавказа (погибли 19 человек), были задержаны Саит-Али Добриев, продавший боевику свою "Волгу", и Айшат Гандаров, чей телефон оказался у смертника. Через неделю они были освобождены из-под стражи и переведены в разряд свидетелей.