Претензии государства ко второй по размеру нефтегазовой компании России с капитализацией $32,5 млрд начались в 2003 году с налоговой проверки за 2000 год, за которой последовали аресты председателя совета директоров МЕНАТЕПа Платона Лебедева и основного владельца ЮКОСа Михаила Ходорковского (2 июля 2003 года и 25 октября 2003 года соответственно).
Решением налоговиков от 14 апреля 2004 года нефтекомпании было предъявлено около 99,4 млрд руб. налоговых претензий, а уже 15 апреля арбитражный суд Москвы наложил запрет на распоряжение активами ЮКОСа. В мае дело Михаила Ходорковского было передано в Мещанский суд Москвы, в июне его объединили с делом Платона Лебедева — их обвинили в мошенничестве и уклонении от уплаты налогов. Общая сумма налоговых претензий к ЮКОСу за 2000-2003 годы составила более 582 млрд руб.
Для взыскания налогов 19 декабря 2004 года с торгов был принудительно продан основной актив ЮКОСа — 76,79% акций ОАО "Юганскнефтегаз". За 260,75 млрд руб. пакет приобрело ООО "Байкал Финанс Групп", которое сразу после торгов купила государственная "Роснефть".
Согласно решению Московского городского суда от 22 сентября 2005 года, вынесенный Мещанским судом обвинительный приговор в отношении Михаила Ходорковского и Платона Лебедева вступил в силу, обвиняемые получили по восемь лет лишения свободы.
6 марта 2006 года иностранные банки--кредиторы ЮКОСа начали процесс его банкротства, через неделю после этого требования банков на $482 млн были выкуплены "Роснефтью", а уже 28 марта арбитражный суд Москвы ввел в компании процедуру наблюдения.
Весной 2007 года все значительные активы ЮКОСа были распроданы на аукционе, и их основным покупателем оказалась "Роснефть", ставшая в результате крупнейшей российской нефтекомпанией. Решение о ликвидации ЮКОСа было вынесено 12 ноября 2007 года, и уже 21 ноября компания была исключена из госреестра юридических лиц.
3 марта 2009 года начались предварительные слушания по второму уголовному делу Платона Лебедева и Михаила Ходорковского. Им были предъявлены обвинения в хищении акций дочерних обществ ОАО "Восточная нефтяная компания" на сумму 3,6 млрд руб., хищении в 1998-2003 годах нефти ОАО "Самаранефтегаз", ОАО "Юганскнефтегаз" и ОАО "Томскнефть" на сумму более 892,4 млрд руб. и в дальнейшем легализации части этих средств.
30 декабря 2010 года судья Хамовнического суда Виктор Данилкин признал Михаила Ходорковского и Платона Лебедева виновными в масштабном хищении нефти и легализации преступных доходов на сумму 487 млрд руб. и более $7,5 млрд и приговорил каждого из них к 13,5 года лишения свободы.