Первый электронный микроскоп был создан Максом Кноллем и нобелевским лауреатом Эрнстом Руской в 1931 году. Как и оптические, он состоял из двух линз, только магнитных. Луч проходил через тонкий образец, а детекторы фиксировали дифракционную картину. Прибор давал 16-кратное увеличение, худшее, чем у оптических систем, но положил начало качественно иной микроскопии. Разрешение современных электронных микроскопов меньше нанометра.