В 1990 году Станислав Говорухин снял публицистический фильм о проблемах советского общества в перестроечный период «Так жить нельзя», который назвал «началом своего пути в большую политику».
В 1993 году он был избран депутатом Госдумы от Демократической партии России, в списке которой значился вторым номером (за партию проголосовали 5,52% избирателей). На думских выборах 1995 года создал «Блок Станислава Говорухина», набравший лишь 0,99% голосов. Однако сам режиссер был избран депутатом по Кавминводскому одномандатному округу №53 с результатом 23,4% голосов.
В 1996 году на выборах президента РФ поддерживал Геннадия Зюганова.
В 1999 году избран депутатом Госдумы третьего созыва от блока «Отечество — Вся Россия» (в списке был под номером шесть). Сам он говорил о своем восхищении лидерами блока — Евгением Примаковым и Юрием Лужковым.
В 2000 году баллотировался на пост президента (набрал 0,44% голосов). Выступал с критикой Владимира Путина и его блока «Единство», однако в 2005 году на довыборах в Госдуму по 201-му Университетскому округу в Москве баллотировался уже при поддержке «Единой России». Те довыборы запомнились планами оппозиции выдвинуть в депутаты экс-главу ЮКОСа Михаила Ходорковского. В итоге заключенного олигарха до выборов не допустили, и господин Говорухин победил (38,5% голосов) писателя-сатирика Виктора Шендеровича.
Кроме того, режиссер был в числе 50 других представителей общественности, подписавших «Письмо в поддержку приговора бывшим руководителям „ЮКОСа“». В 2007 году переизбрался в Госдуму по списку «Единой России» (был третьим в московском региональном списке).
27 ноября 2011 года на съезде «Единой России» предложил премьер-министру Владимиру Путину баллотироваться на пост президента России.