В соответствии с принятым в июле 1995 года уставом Москвы Мосгордума и городская администрация совмещали функции государственной власти и местного самоуправления (МСУ). Город был поделен на 125 районов, объединенных в 10 административных округов во главе с назначаемым мэром префектом. Органом управления на уровне районов была управа, состоящая из избираемого населением собрания и главы управы, избираемого собранием по представлению мэра. Глава управы мог быть досрочно освобожден от должности мэром. В декабре 2000 года Мосгорсуд признал, что ряд статей городского закона "О районной управе" не соответствуют Конституции, так как органы управления городом не могут одновременно быть органами МСУ. Вердикт подтвердил Верховный суд.
В ноябре 2002 года был принят закон "Об организации местного самоуправления в городе Москве", формально учреждавший местный уровень власти. В структуру муниципальных образований (МО) включили представительный орган (муниципальное собрание) и исполнительно-распределительный орган (муниципалитет). Руководитель муниципалитета обычно избирается местными депутатами из своего состава. Однако основной объем полномочий остался за сохранившимися управами, которые стали играть роль низового звена городской власти. При этом главы управы стали напрямую назначаться правительством города. МО достались в основном символические права, например организация опеки и попечительства или охрана прав несовершеннолетних.
С 1 января 2003 года каждое МО имеет собственный бюджет. До этого финансирование осуществлялось из городского бюджета в соответствии со сметой района. Основными источниками доходов стали два трудноадминистрируемых налога — на имущество физических лиц и на сделки дарения. До настоящего времени ни разу доля всех муниципалитетов не превысила в консолидированном бюджете Москвы 1%.
В мае 2006 года Мосгордума приняла новую редакцию закона "О местном самоуправлении", которая лишила муниципалитеты последней значимой компетенции — права согласовывать градостроительные планы. В обмен МО получили возможность учреждать СМИ и благоустраивать придомовые территории.