В декабре 2011 года ГУ МВД по Центральному федеральному округу возбудило уголовное дело по ч. 4 ст. 159 УК РФ (мошенничество в особо крупном размере) по факту хищения в 2007-2008 годах 266 млн руб., выделенных из федерального бюджета ОАО "Росагролизинг" на закупку оборудования для нескольких спиртовых заводов Липецкой области. В рамках этого эпизода в феврале и апреле 2012 года под стражу были взяты гендиректор ООО "Межрегионторг+" Сергей Бурдовский и гендиректор ООО "Липецкагротехсервис" (региональный оператор "Росагролизинга") Игорь Коняхин.
16 апреля 2012 года ГУ МВД РФ по ЦФО возбудило дело о хищении 300 млн руб., выделенных в 2007-2009 годах "Росагролизингу" на поставку доильного оборудования на две молочные фермы в Рязанской области, против бывшего директора департамента административной работы и внешних связей Минсельхоза Олега Донских. 17 апреля ему было предъявлено обвинение и по эпизоду с липецкими спиртзаводами. Экс-чиновник скрылся и был объявлен в розыск, а эпизоды хищений объединили в одно уголовное дело.
В августе в деле появился третий эпизод. Следствие сообщило, что Игорь Коняхин подозревается в растрате 58 млн руб., выделенных на закупку оборудования для производства растительных масел и жиров. Против него возбудили дело по ст. 160 УК РФ (присвоение или растрата в особо крупном размере).
27 ноября в СМИ появилась информация, что на допрос по делу "Росагролизинга" вызвана экс-министр сельского хозяйства Елена Скрынник. Представитель МВД в тот же день сообщил, что она проходит по делу в качестве свидетеля.