12 января 1993 года Юрий Шафраник, с 1991 года возглавлявший Тюменскую область, назначен министром топлива и энергетики. В августе 1996 года он не вошел в новое правительство. Отставку связывали с проблемами в отрасли.
16 мая 1994 года Николай Егоров, глава Краснодарского края с 1992 года, стал министром по делам национальностей и региональной политике. Позже он также назначен полпредом президента в Чечне и вице-премьером. Уволен 30 июня 1995 года после захвата боевиками Буденновска.
15 ноября 1994 года Владимир Полеванов, год возглавлявший Амурскую область, стал вице-премьером. В январе 1995 года он переведен в заместители главы контрольного управления президента, а в июле уволен за критику реформ.
17 марта 1997 года руководивший с 1991 года Нижегородской областью Борис Немцов стал первым вице-премьером. Ушел в отставку после дефолта 1998 года.
1 июля 1997 года глава Кемеровской области (с 1991 года) Михаил Кислюк возглавил Федеральную службу по регулированию естественных монополий на транспорте. 8 мая 1998 года уволился после отставки протежировавшего его Виктора Черномырдина.
18 сентября 1998 года губернатор Ленинградской области с 1996 года Вадим Густов стал первым вице-премьером. В апреле 1999 года освобожден от должности без объяснения причин.
24 февраля 2001 года глава Приморья (с 1993 года) Евгений Наздратенко возглавил Госкомрыболовство. В 2003 году переведен на пост заместителя секретаря Совбеза из-за конфликта с премьером Михаилом Касьяновым.
16 июня 2003 года мэр Санкт-Петербурга (с 1996 года) Владимир Яковлев стал вице-премьером. Затем он был полпредом в Южном федеральном округе и министром регионального развития. В 2007 году не вошел в новый кабинет, что связывали с провалом курируемых им реформ.
14 ноября 2005 года Сергей Собянин, четыре года управлявший Тюменской областью, возглавил администрацию президента. С мая 2008 года — глава аппарата правительства в ранге вице-премьера. С 2010 года — мэр Москвы.
19 января 2010 года губернатор Красноярского края (с 2002 года) Александр Хлопонин назначен вице-премьером и полпредом президента в Северо-Кавказском федеральном округе.
9 сентября 2010 года Виктор Толоконский, десять лет возглавлявший Новосибирскую область, стал полпредом в Сибирском федеральном округе.
17 октября 2012 года Игорь Слюняев, губернатор Костромской области с 2007 года, возглавил Минрегион.