25 октября 2012 года сотрудники СКР и МВД в рамках возбужденных дел о мошенничестве провели обыски в подконтрольном Минобороны холдинге "Оборонсервис" и связанных с ним компаниях. Выемки документов прошли также в квартире экс-главы департамента имущественных отношений министерства Евгении Васильевой — соседки по дому бывшего главы военного ведомства Анатолия Сердюкова. Ущерб от продажи имущества Минобороны по заниженной стоимости оценивался в 3 млрд руб.
1 ноября Хамовнический райсуд Москвы арестовал Екатерину Сметанову, возглавлявшую центр правовой поддержки "Эксперт" (агент ОАО "Оборонсервис" по продаже активов), а также ее гражданского мужа Максима Закутайло (позднее оба были освобождены под подписку о невыезде). Евгения Васильева была вскоре заключена под домашний арест.
6 ноября президент Владимир Путин отправил господина Сердюкова в отставку, "чтобы создать условия для объективного расследования". К концу месяца ущерб от хищений СКР оценивал уже в 6,7 млрд руб. Дальнейшее расследование дела "Оборонсервиса" выявило 29 эпизодов хищения военной недвижимости, земель и акций крупных предприятий.
В январе 2013 года главное военное следственное управление (ГВСУ) СКР возбудило дело по факту злоупотребления полномочиями, допущенного "неустановленными должностными лицами Минобороны" при строительстве дороги протяженностью 6,7 км и мостов к базе отдыха "Житное", принадлежащей зятю экс-министра Анатолия Сердюкова Валерию Пузикову, в Астраханской области. Ущерб был оценен в 15,5 млн руб. Следствие также выяснило, что военнослужащих незаконно привлекали к озеленению самой базы. Господин Сердюков, проходящий по делу свидетелем, назвал помощь военных в строительстве "служебной необходимостью".
В феврале ГВСУ начало доследственную проверку по факту передачи участка земли площадью более 9 тыс. кв. м в селе Большой Утриш Анапского района Краснодарского края, выделенного Минобороны для размещения РЛС, под элитную застройку Валерию Пузикову. 19 февраля господин Сердюков побывал на допросе в СКР по этому эпизоду, но отказался свидетельствовать против себя и своих родственников.
В апреле Главная военная прокуратура (ГВП) начала проверку закупки мебели для Краснодарского кадетского училища. Прокуроры выяснили, что победитель конкурса был выбран с нарушениями, а стоимость мебели завышена на 40 млн руб. Оплата производилась из средств благотворительного фонда "Помощь и милосердие", попечительский совет которого возглавлял Анатолий Сердюков. В августе ГВСУ отказалось возбудить дело по факту злоупотреблений.
23 июля ГВСУ возбудило дело в отношении "неустановленных чиновников Минобороны" о продаже по заниженной стоимости дома садовника в Санкт-Петербурге на территории Таврического дворца. Осенью 2011 года Анатолий Сердюков санкционировал продажу дома подконтрольному господину Пузикову ООО "Стройрент" за 376,5 млн руб., по данным следствия, на 75 млн руб. ниже рыночной стоимости. 23 июля Анатолий Сердюков был допрошен по делу как свидетель.
В том же месяце ГВП начала проверку незаконной продажи 144 га леса в районе поселка Нахабино в Подмосковье. Лесной массив с так называемым генеральским озером, где ранее располагался полигон, военные должны были вернуть Рослесхозу. Вместо этого в 2011-2012 годах по приказу Анатолия Сердюкова участки были проданы по ценам ниже рыночных. По оценкам Счетной палаты, общий ущерб составил 2,871 млрд руб. 28 августа материалы проверки были направлены в СКР, но Анатолий Сердюков, которого ГВП ранее считала подозреваемым, значился в них как свидетель.
Начиная с марта 2013 года новые владельцы стали возвращать имущество Министерству обороны. Так, по решению суда участок побережья на Васильевском острове в Петербурге передан Росимуществу. Тогда же, в марте, Минобороны получило обратно в дар 100% акций ОАО "31-й ГПИСС", а в августе Арбитражный суд Краснодарского принял к рассмотрению проект мирового соглашения, по которому Минобороны вернет себе участок, известный как "дача Сердюкова".