В декабре 2011 года и апреле 2012 года ГУ МВД по ЦФО возбудило два дела по ч. 4 ст. 159 УК РФ ("Мошенничество в особо крупном размере") по факту хищения в 2007-2009 годах из госбюджета более чем 600 млн руб. Средства были выделены ОАО "Росагролизинг" на закупку оборудования для спиртовых заводов в Липецкой области и поставку доильного оборудования в Рязанскую область. В рамках расследования были арестованы гендиректор ООО "Межрегионторг+" Сергей Бурдовский и глава ООО "Липецкагротехсервис" Игорь Коняхин. Экс-глава административного департамента Минсельхоза Олег Донских находится в розыске. В качестве свидетеля по делу допрашивалась бывший министр Елена Скрынник.
5 мая 2012 года МВД по Липецкой области возбудило дело по факту мошенничества с 137,82 млн руб. "Росагролизинга". По версии следствия, компания перечислила деньги на основании фиктивных договоров фирмам, близким к бывшим топ-менеджерам группы "Виноградов" бизнесмена Владимира Виноградова. О развитии дела не сообщалось.
В августе в деле о хищениях более 600 млн руб. появился еще один эпизод по ст. 160 УК РФ ("Присвоение или растрата в особо крупном размере"). Следствие заподозрило Игоря Коняхина в растрате 58 млн руб., выделенных на закупку оборудования для производства растительных масел и жиров.
В ноябре ГУ МВД по ЦФО возбудило уголовное дело о мошенничестве с 150 млн руб., выделенных в 2009 году на нужды колхозов и совхозов Тамбовской области через "Росагролизинг". В декабре обыски прошли в московской квартире бывшего заместителя гендиректора компании Леонида Новицкого, брата госпожи Скрынник.
4 марта 2013 года МВД РФ возбудило дело по факту хищения 1,125 млрд руб. средств ОАО "Росагролизинг", выделенных группе "Маслопродукт" на модернизацию завода в Воронежской области. 11 апреля в рамках дела были арестованы экс-замглавы Минсельхоза Алексей Бажанов, бывший председатель совета директоров холдинга Роман Малов и экс-гендиректор ЗАО "Маслопродукт-Био" Сергей Дуденков. Общий ущерб от уже обнаруженных следствием хищений оценивается в 39 млрд руб.