18 апреля 1991 года Верховный совет РСФСР принял закон «О милиции», позволявший создавать муниципальную милицию и образовывавший МВД РСФСР. Части закона СССР «О советской милиции», противоречащие новому закону, переставали действовать на территории России.
18 марта 1992 года указом президента при Государственной налоговой службе было сформировано Главное управление налоговых расследований РФ. В 1993 году на его базе создан самостоятельный Департамент налоговой полиции. В декабре 1995 года он был преобразован в Федеральную службу налоговой полиции (ФСНП) численностью 43,8 тыс. человек.
В июле 1998 года уголовно-исполнительные функции перешли от МВД Минюсту, в составе которого создали Главное управление исполнения наказаний (ГУИН). В марте 2004 года на базе ГУИН была создана Федеральная служба исполнения наказаний (ФСИН). Также с 1998 года в составе Минюста действует Федеральная служба судебных приставов (ФССП).
В ноябре 2001 года Государственная противопожарная служба была передана из МВД в МЧС. 278 тыс. сотрудников ГПС присоединились к 70 тыс. служащих МЧС.
В июле 2003 года президент ликвидировал налоговую полицию, передав ее функции МВД. Материальную базу и штат ФСНП в 40 тыс. человек получил Госнарконтроль РФ, созданный 11 марта 2003 года на основе Госкомитета по противодействию незаконному обороту наркотических средств и психотропных веществ при МВД. В марте 2004 года он был преобразован в Федеральную службу по контролю за оборотом наркотиков (ФСКН).
В июле 2004 года на базе паспортно-визовой службы МВД создана самостоятельная Федеральная миграционная служба (ФМС) численностью 37,3 тыс. человек.
В феврале 2011 года был принят закон «О полиции», реформировавший систему органов внутренних дел. В ходе реорганизации милиция была переименована в полицию, штат был сокращен на 20%, сотрудники прошли переаттестацию.