В марте 2004 года в рамках административной реформы в результате слияния Федеральной службы по атомному надзору и Федеральной службы по технологическому надзору была образована Федеральная служба по экологическому, технологическому и атомному надзору (Ростехнадзор).
В мае 2008 года Федеральная служба по надзору в сфере массовых коммуникаций, связи и охраны культурного наследия (Россвязьохранкультура) была разделена на Федеральную службу по надзору за соблюдением законодательства в области охраны культурного наследия (Росохранкультура) и Федеральную службу по надзору в сфере связи и массовых коммуникаций (Россвязькомнадзор, с 2008 года — Роскомнадзор). В феврале 2011 года Росохранкультура была упразднена, ее функции были переданы Минкультуры.
В марте 2011 года Федеральная служба страхового надзора (Росстрахнадзор), осуществлявшая функции по контролю и надзору в сфере страховой деятельности, была упразднена, ее функции перешли Федеральной службе по финансовым рынкам (ФСФР), которая просуществовала до сентября 2013 года. Функции упраздненной ФСФР были затем переданы Центробанку.
В январе 2015 года Федеральная служба по оборонному заказу (Рособоронзаказ), осуществлявшая контроль и надзор в сфере государственного оборонного заказа, была упразднена, а ее функции были переданы Федеральной антимонопольной службе (ФАС), Минпромторгу и Счетной палате.
В июле 2015 года упразднена Федеральная служба по тарифам (ФСТ) России, осуществлявшая правовое регулирование и контроль в сфере государственного регулирования цен и тарифов на товары и услуги. Ее функции перешли к ФАС.