Гапликов Сергей Анатольевич родился 29 апреля 1970 года в городе Фрунзе (ныне Бишкек, Киргизия). В 1996 году окончил факультет специального машиностроения МГТУ имени Баумана и международно-правовой факультет МГИМО, в 2000 году — факультет внешнеэкономической службы Всероссийской академии внешней торговли.
В 1988-1989 годах проходил срочную службу в спецназе ГРУ. В 1994-1995 годах входил в состав экспертного совета при бюджетном комитете Совета федерации, принимал участие в разработке закона о финансово-промышленных группах. С 1996 года работал в мэрии Москвы, занимался внешнеэкономическими связями. С ноября 2000 года в Минэкономразвития прошел путь от консультанта в департаменте экономики предприятия до заместителя главы департамента стран Европы. Участвовал в разработке закона "Об особых экономических зонах" и в подготовке соглашения с Италией о создании в России совместных промышленных округов (один из них был размещен в Чувашии). 27 апреля 2004 года по приглашению главы Чувашии Николая Федорова возглавил кабинет министров региона.
17 февраля 2009 года попал в первую сотню кадрового резерва президента. 2 апреля 2010 года был назначен заместителем главы аппарата правительства РФ Сергея Собянина. С января 2011 года по сентябрь 2014 года занимал пост президента госкорпорации "Олимпстрой".
Награжден орденами "За заслуги перед Отечеством" II и III степени.