4 июля 1996 года, на следующий день после второго тура выборов, зампред ЦИКа Александр Иванченко заявил, что число нарушений было незначительным, а президентская кампания стала корректнее думской. За голосованием следили наблюдатели от Европарламента, Совета Европы и Парламентской ассамблеи ОБСЕ. По их данным, выборы "были свободными, беспристрастными и справедливыми".
После первого тура КПРФ, наняв команду юристов, попыталась оспорить результаты выборов в Татарстане. По словам Геннадия Зюганова, в республике была "дикая фальсификация", приведшая к "краже 600 тыс. голосов". После трех лет разбирательств Верховный суд признал, что нарушения не повлияли на окончательные итоги выборов.
4 июля на пресс-конференции в Москве Геннадий Зюганов заявил, что направил поздравительную телеграмму Борису Ельцину, в которой выразил надежду на то, что народу будут обеспечены достаток и благополучие. При этом он отметил, что в нынешней ситуации в России "победителей быть не может".
В начале 2000 года, накануне выборов президента, в центральных СМИ вновь появились заявления и публикации, ставившие под сомнение итоги выборов 1996 года. Геннадий Зюганов позже назвал их "хорошо продуманной пиар-акцией" с целью "внушить избирателям, что они голосовали за лидера КПРФ, а Зюганов побоялся отстоять победу".
В феврале 2012 года представители оппозиции заявили, что президент Дмитрий Медведев на встрече с ними якобы сказал: "Вряд ли у кого есть сомнения, кто победил на выборах президента в 1996 году. Это не был Борис Николаевич Ельцин". В Кремле эти заявления опровергли. Тогда же глава "Роснано" Анатолий Чубайс, работавший в 1996-м в предвыборном штабе Бориса Ельцина, написал в своем блоге, что "тезис о победе Зюганова в 1996 году по существу лжив".