В июне 2001 года руководство Русской православной церкви негативно отреагировало на приезд на Украину папы римского Иоанна Павла II (John Paul II). Патриарх Московский и всея Руси Алексий II публично заявил, что "этот визит не принесет ничего хорошего". В Киеве несколько тысяч представителей Украинской православной церкви Московского патриархата провели акции протеста. Тогда же РПЦ осудило действия российских католиков, пригласивших папу в Москву без консультаций с РПЦ.
В сентябре 2001 года РПЦ выразила недовольство тем, что папа Иоанн Павел II отправился в Казахстан, не испросив на это согласия патриарха Алексия II. Визит проходил по личному приглашению президента Казахстана Нурсултана Назарбаева (Nursultan Nazarbayev). Однако и на этот раз Московская патриархия подняла вопрос о вторжении католицизма на каноническую территорию православия.В феврале 2002 года представители РПЦ выступили с резкой критикой решения Ватикана о преобразовании четырех католических апостольских администратур в России в епархии и о возведении апостольского администратора в сан митрополита. Сотрудники отдела внешних церковных связей Московской патриархии заявили, что это может сорвать запланированные переговоры между РПЦ и Римско-католической церковью.