Весной 1995 года резко обострился конфликт Евгения Наздратенко с первым вице-премьером Анатолием Чубайсом, вызванный разногласиями по экономическим вопросам и личной неприязнью. В частности, господин Чубайс обвинил власти Приморья в провоцировании напряженности в регионе и использовании в своих интересах забастовок шахтеров и энергетиков. Аналитики предполагали, что первый вице-премьер Чубайс сможет добиться отставки губернатора Наздратенко так же, как в январе 1995 года он добился отставки экс-губернатора Амурской области, главы Госкомимущества Владимира Полеванова. Однако в итоге господин Наздратенко остался на своем посту, а Анатолий Чубайс в январе 1996 года был освобожден от должности первого вице-премьера (по данным приморских СМИ, Евгений Наздратенко лично просил президента Бориса Ельцина не отправлять Анатолия Чубайса в отставку).
В марте 1998 года Приморье покинул один из самых активных оппонентов Евгения Наздратенко — глава краевого УФСБ генерал-лейтенант Виктор Кондратов, который был отозван в Москву. После назначения в мае 1997 года представителем президента РФ в Приморье генерал Кондратов занялся поиском фактов коррупции в администрации края. В ответ против него была развернута информационная война. В результате глава УФСБ смог выиграть несколько судов по обвинению в клевете, однако не добился значимых результатов в расследовании деятельности краевых властей.Весной 2001 года, уже после отставки Евгения Наздратенко с поста губернатора Приморского края, представитель президента в Дальневосточном федеральном округе Константин Пуликовский вмешался в кампанию по выборам главы Приморья, надеясь продвинуть на этот пост своего ставленника Геннадия Апанасенко, а также возбудить уголовные дела против высокопоставленных сотрудников администрации края. Однако масштабных судебных процессов проведено не было, а господин Апанасенко проиграл на выборах Сергею Дарькину, которого поддерживал Евгений Наздратенко. Последовавшая затем атака на ставленника господина Наздратенко мэра Владивостока Юрия Копылова успехом также не увенчалась.