В январе 1999 года Гейдар Алиев доставлен в военно-медицинскую академию "Гюльханэ" в Анкаре. Официальный диагноз — обструктивный бронхит на фоне острой респираторной вирусной инфекции. Позже становится известно, что на самом деле у президента проблемы с сердцем. Вскоре в клинике Кливленда (США) президенту сделали аортокоронарное шунтирование.
В феврале 2000 года в институте Джонса Хопкинса в Балтиморе ему была сделана операция в связи с катарактой глаза. За месяц до этого в ряде СМИ появились сообщения, что у Гейдара Алиева обнаружены раковая опухоль и диабет.В сентябре 2000 года российские интернет-издания сообщают о смерти Гейдара Алиева, который в тот момент находился на обследовании в Кливленде. С официальным опровержением приходится выступить секретарю Совета безопасности РФ Сергею Иванову.
В феврале 2002 года, приняв участие во Всемирном экономическом форуме в Нью-Йорке, Гейдар Алиев вновь лег в кливлендскую клинику, где ему сделали операцию на предстательной железе.
В феврале 2003 года в клинике Кливленда (США) перенес операцию по удалению паховой грыжи.
21 апреля Гейдар Алиев упал в обморок во время выступления на торжественном заседании в бакинском Дворце республики, посвященном 30-летию военного училища имени Джамшида Нахичеванского.
С 3 по 26 мая Гейдар Алиев проходил обследование в "Гюльханэ" в связи с резким понижением артериального давления.
В ночь с 8 на 9 июля был помещен в "Гюльханэ". После этого президент больше не появлялся на публике. Начиная с этого момента почти ежедневно появляются слухи о его смерти.
Вчера представители азербайджанской оппозиции заявили, что Гейдар Алиев умер 30 июля в Турции.