В августе 1991 года Василий Стародубцев входил в состав ГКЧП, после чего был исключен из КПСС "за организацию государственного переворота". Свое участие в путче он объяснил "выполнением решений 2-го съезда Крестьянского союза СССР по предотвращению развала аграрного сектора".
30 июня 1993 года на 2-м съезде Аграрного союза России его председатель Василий Стародубцев обрушился с резкой критикой на кабинет Виктора Черномырдина: "Деревня умирает, а нынешние власти ее добивают с помощью своих реформ".
26 сентября 1996 года УФСНП по Тульской области возбудило уголовное дело по факту уклонения от налогов в размере 130 млн руб. колхозом имени Ленина, который возглавлял Василий Стародубцев. Претензии были связаны с тем, что колхоз официально производил спирт на экспорт, но, получая с государства возврат НДС, фактически сбывал его в России. В марте 1999 года господину Стародубцеву было предъявлено обвинение, но в 2000 году дело закрыли, так как он, как член Совета федерации, обладал депутатской неприкосновенностью.
16 июня 1998 года компания "СБС-Лизинг" под устные гарантии губернатора выделила Тульской области 30 комбайнов. Машины передали в ГУП "Тульская областная МТС", которое распределило их среди бедных хозяйств с низкой урожайностью. Хозяйства не смогли окупить использование современной техники, и в итоге ТО МТС обанкротилась. Ее долги в 240 млн руб. легли на аграриев, вынужденных расплачиваться урожаем.
В июле 2004 года Василий Стародубцев назвал своего коллегу, губернатора Ивановской области Владимира Тихонова, "мерзавцем и негодяем" в связи с провозглашением последнего новым лидером компартии на альтернативном съезде КПРФ.
В ноябре 2004 года, выступая на заседании губернаторского совета, господин Стародубцев назвал деятельность правительства Михаила Фрадкова "политикой удушения регионов" во имя процветания "жирующей и взбесившейся от избытка денег Москвы".