29 ноября 2004 года президент России Владимир Путин своим указом внес изменения в перечень стратегических предприятий. Из него исключили Московский вертолетный завод имени Миля, Улан-Удэнский авиационный завод, московский машиностроительный завод "Вперед" и Ступинское машиностроительное производственное предприятие. В мае 2005 года все они вошли в состав холдинга "Оборонпром".
7 декабря 2004 года из списка исключено ОАО "Роснефть". 100% его акций, принадлежавших государству, были внесены в качестве вклада в уставный капитал ОАО "Роснефтегаз", которое тем же указом включалось в список стратегических. Исключение предприятия связано с намерением государства осуществить слияние "Роснефти" с ОАО "Газпром", которого в итоге не произошло.
19 января 2005 года из списка исключены 12 ФГУПов и 4 ОАО. Среди них — ОАО "Научно-производственное предприятие 'Старт'" (один из ведущих производителей электромагнитных реле в РФ) и ОАО "Рязанский радиозавод". По мнению СМИ, государство таким образом намеревалось разрешить приватизацию этих ОАО для создания в дальнейшем радиохолдинга.
25 апреля 2006 года из списка исключены еще 9 предприятий, в их числе ФГУП "Завод точных приборов", НИИ космического приборостроения, НИИ точных приборов, Научный центр космических информационных систем и технологий наблюдения и особое конструкторское бюро Московского энергетического института. По мнению аналитиков, все исключенные предприятия будут акционированы, а затем объединены в аэрокосмический холдинг на базе одного из уже существующих предприятий.