7 декабря 2003 года председатель совета директоров ОАО "Архангельский ЦБК" выиграл думские выборы по Архангельскому одномандатному округу. Перед этим бизнесмена исключили из "Единой России" за несогласованное решение баллотироваться, а областной суд отменил его регистрацию из-за финансовых нарушений. За день до выборов Верховный суд восстановил кандидата.
2 марта 2004 года депутат Крупчак, считавшийся главным конкурентом губернатора Архангельской области Анатолия Ефремова на выборах главы региона, снял свою кандидатуру. Это решение он принял после поездки в Москву и совещания "с первыми лицами государства".
В октябре 2004 года создана инициативная группа по отзыву господина Крупчака из Госдумы. В открытых письмах и обращениях к правоохранительным органам члены этой группы заявили, что работа депутата над Лесным кодексом "направлена на лоббирование собственных бизнес-интересов" и обратила внимание на "многочисленные уголовные дела, в которых фигурирует В. Я. Крупчак".
Владимир Крупчак неоднократно фигурировал в скандальных публикациях архангельских и центральных СМИ и часто судился с журналистами. Так, в 2006 году главный редактор газеты "Правда Северо-Запада" Илья Азовский был признан виновным в клевете и получил 1,5 года исправительных работ за статью "Крупчак кинул Ющенко". В материале утверждалось, что депутат в период выборов президента Украины обещал кандидату Виктору Ющенко за $5 млн организовать встречу с президентом РФ Владимиром Путиным, но обещания не выполнил.