Родился в 1953 (по другим данным, в 1954) году, по его словам, в Сибири. В начале 70-х годов учился в Молдавском государственном институте искусств по классу фортепиано. По собственным утверждениям, в это же время обучался на юрфаке Кишиневского госуниверситета.
В 1974 году эмигрировал в США. Играл на пианино в баре, учился музыке в нью-йоркской Juilliard School, занимался бизнесом. В конце 80-х годов руководители клиники American Urgy в Нью-Джерси обвинили его в мошенническом захвате контроля над учреждением. В 1997 году по этому делу суд обязал господина Зельцера выплатить около $2 млн компенсации.
В 1990 году получил лицензию на адвокатскую деятельность. С 1993 года работал адвокатом Инкомбанка в США. В 1994 году был уволен, после чего обвинил руководство банка в обмане вкладчиков. Инкомбанк подал свой иск, обвинив адвоката в хищении $5,6 млн. Судебное разбирательство прекратилось в 1998 году после банкротства банка.
В августе 1999 года передал газете The New York Times информацию об отмывании российских денег в Bank of New York (BoNY), положившую начало громкому скандалу. В сентябре выступил на слушаниях по этому делу в конгрессе США. В октябре стал инициатором иска на $500 млн от четырех вкладчиков Инкомбанка к BoNY, обвинив его в пособничестве к выводу средств российским банком (иск отклонен в 2001 году). В январе 2000 года The New York Times опубликовала саморазоблачительную статью, в которой назвала господина Зельцера ненадежным источником, и обнародовала сомнительные факты из его прошлого, включая подделку диплома о юридическом образовании.
В январе 2001 года представлял интересы бывшего управляющего делами президента РФ Павла Бородина, задержанного в США по подозрению в отмывании денег. Через месяц господин Бородин отказался от его услуг из-за "скандальной репутации".
Кроме того, Эммануил Зельцер возглавляет Американо-российский институт права, неоднократно выступал в американских СМИ как эксперт по вопросам российской организованной преступности. По его словам, он был консультантом при разработке российского банковского законодательства, имеет грамоту от бывшего президента США Рональда Рейгана и звание почетного доктора правовой академии Минюста РФ.