28 апреля 2009 года апелляционный суд Амстердама по иску подконтрольной экс-менеджерам ЮКОСа Yukos Capital S.a.r.l. взыскал с «Роснефти» $424 млн (около 13 млрд руб.) по долгам поглощенного ею «Юганскнефтегаза». Кроме того, Yukos Capital через Лондонский международный коммерческий арбитраж попытался взыскать 11 млрд руб. с «Томскнефти» (перешла под контроль «Роснефти») по выданному в 2004 году займу, но в 2010 году арбитраж Томской области не признал это решение в РФ.
17 сентября 2010 года Стокгольмский арбитражный суд постановил взыскать с России $3,5 млн ущерба в пользу бывшего миноритария ЮКОСа — компании RosinvestCo UK Ltd. Англичане, ссылаясь на российско-британское соглашение о защите инвестиций, требовали возместить сначала $75 млн, а затем $200 млн.
20 сентября 2011 года Европейский суд по правам человека (ЕСПЧ) вынес решение по жалобе бывших акционеров и топ-менеджеров ЮКОСа на «разрушение компании с целью экспроприации ее активов». Суд отказался признать дело политически мотивированным, а вопрос о компенсации €81 млрд передал на согласование сторон. В настоящее время в ЕСПЧ ожидается решение по требованию бывших акционеров о выплате российскими властями справедливой компенсации.
2 октября 2013 года федеральный окружной суд Нью-Йорка обязал подконтрольный «Роснефти» «Самаранефтегаз» выплатить компании Yukos Capital $185,9 млн по выданному в 2004 году кредиту. «Роснефть» оспаривает это решение.