Якунин Глеб Павлович родился 4 марта 1934 года в Москве. В 1957 году окончил факультет охотоведения Иркутского сельскохозяйственного института. В Иркутске познакомился с будущим священником Александром Менем, с которым вместе учился. В 1958-м поступил в Московскую духовную семинарию, но через год был исключен по обвинению в присвоении запрещенной для студентов книги Николая Бердяева «Философия свободы» из библиотеки.

В августе 1962 года рукоположен в сан священника и направлен в Зарайск, а позднее в Дмитров. В 1966 году получил от церковной власти запрещение в священнослужении после открытого письма патриарху Алексию I с критикой политики РПЦ. В 1960–1970 годах был активным участником правозащитного движения, публиковал множество документов о нарушении прав верующих. В 1976 году стал соучредителем общественного Христианского комитета защиты прав верующих в СССР. Вел активную поддержку религиозных диссидентов всех вероисповеданий. В 1979 году арестован и в 1980 году осужден на шесть лет заключения и пять лет ссылки за антисоветскую агитацию и пропаганду. В 1987 году амнистирован и восстановлен в сане, служил священником в Подмосковье. Одновременно был членом пресс-клуба «Гласность» Московской Хельсинкской группы.

В 1990 году избран народным депутатом РСФСР, членом Верховного совета РСФСР, заместителем председателя комитета ВС РСФСР по свободе совести. Тогда же стал сопредседателем движения «Демократическая Россия». В октябре 1991 года постановлением Верховного совета был реабилитирован. В 1991–1992 годах участвовал в работе парламентской комиссии по расследованию причин ГКЧП. В 1993 году избран депутатом Госдумы, за что лишился сана священника. Был членом комитета Думы по делам общественных объединений и религиозных организаций. В 1997 году баллотировался в Мосгордуму.

В том же 1997 году за неподчинение священноначалию отлучен от Русской православной церкви. Был принят в юрисдикцию Украинской православной церкви Киевского патриархата, а затем перешел в Русскую истинно-православную церковь. В 2000 году был одним из инициаторов создания Апостольской православной церкви, в которой получил титул протопресвитера. Одновременно продолжал заниматься правозащитной деятельностью в Московской Хельсинкской группе. В 2009 году безрезультатно подавал апелляцию Поместному собору РПЦ с просьбой об отмене решения 1997 года об отлучении от церкви.