Родился в 1958 году в селе Средний Алеусс Новосибирской области. В 1981 году окончил Новосибирский институт инженеров железнодорожного транспорта; инженер путей сообщения, строитель.

В 1983–1990 годах - мастер, инженер ППО, главный инженер, начальник ДРСУ.

С 1990 года по 1996 год - председатель, директор Промышленно-строительного комбината «Автодор».

В 1996–1999 годах - заместитель генерального директора АО «Сахаавтодор».

В 1999 году окончил Российскую академию государственной службы при Президенте РФ по специальности государственное муниципальное управление.

С 1999 года по 2003 год - заместитель директора, первый заместитель начальника, и.о. начальника Федерального управления автомобильных дорог «Сибирь».

С 2004 года по 2009 год - начальник управления Федерального дорожного агентства (ФДА).

В 2009 году работал директором Департамента государственной политики в области дорожного хозяйства Министерства транспорта РФ.

С 2009 года по 2011 год - председатель правления государственной компании «Российские автомобильные дороги» (Росавтодор).

Распоряжением мэра города Москвы № 78-РМ от 10 февраля 2012 года С.В. Костин назначен заместителем председателя Москомархитектуры.

Женат, двое детей.

С.В. Костин награжден знаком «Почетный дорожник России», почетной грамотой Федерального дорожного агентства, имеет благодарность Министра транспорта РФ и неоднократные благодарности руководителя ФДА. В 2009 г. С. В. Костину присвоено звание «Заслуженный строитель Российской Федерации».

В непосредственном подчинении С.В. Костина находятся:

• Управление улично-дорожной сети;
• Управление внеуличного транспорта.

С.В. Костин отвечает за реализацию комплекса мероприятий по координации работ по комплексному развитию транспортной инфраструктуры города Москвы (в части вопросов улично-дорожной сети и внеуличного транспорта), в том числе:

• при разработке и внесении правовых актов о Генеральном плане города Москвы, Правилах землепользования и застройки в городе Москве, территориальных и отраслевых схемах, проектах планировки территории и проектах планировки территории, включающих в свой состав проекты межевания территории, а также о региональных нормативах градостроительного проектирования в городе Москве;
• при организации работ по мониторингу и контролю реализации Генерального плана города Москвы;
• при проведении научно-исследовательских работ в установленной сфере деятельности Комитета, включая изучение социально-экономических, социологических, экологических аспектов градостроительных решений, а также разработку прогнозов, концепций градостроительного развития города Москвы, в том числе с учетом взаимосвязанного развития города Москвы, Московской области и регионов Центрального федерального округа;
• научное и методическое обеспечение подготовки документации и документов в установленной сфере деятельности.

В части вопросов и объектов улично-дорожной сети и внеуличного транспорта С.В. Костин отвечает за подготовку, утверждение градостроительных планов земельных участков, а также проектов планировки территории и проектов планировки территории, включающих в свой состав проекты межевания территории в установленном порядке. Он курирует разработку материалов по обоснованию градостроительных планов земельных участков и подготовку и утверждение разбивочных чертежей актов линий градостроительного регулирования, организацию работ по формированию и ведению электронного плана линий градостроительного регулирования.