В мае 1997 года по обвинению во взяточничестве и злоупотреблении служебным положением был арестован замминистра обороны Константин Кобец. По данным следствия, генерал армии лоббировал интересы промышленной корпорации "Люкон", получавшей крупные контракты Минобороны. В благодарность корпорация построила для него особняк за $300 тыс. В июне 2000 года дело против генерала было закрыто в связи с амнистией в честь 55-летия Победы.

В июле 1997 года Генпрокуратура начала расследование хищения $231 млн, выделенных МАПО МиГ из госбюджета для обеспечения контракта на поставки МиГ-29 в Индию. Обвинения предъявляли нескольким топ-менеджерам МАПО и банкирам, свидетелем по делу проходил бывший замминистра финансов Андрей Вавилов. К 2000 году дело развалилось, не дойдя до суда. В 2006 году Генпрокуратура возобновила расследование в отношении господина Вавилова, ставшего к тому времени сенатором. В 2007 году Верховный суд признал наличие в его действиях признаков мошенничества и злоупотребления полномочиями. В июле 2008 года дело закрыли в связи с истечением срока давности.

В феврале 2006 года Генпрокуратура начала уголовное преследование начальника снабжения Главного ракетно-артиллерийского управления Минобороны РФ генерал-майора Валерия Знахурко. Он обвинялся в закупках 14 тыс. некачественных бронежилетов и нанесении государству ущерба более чем на 200 млн руб., из которых 93 млн было похищено и обналичено. Следствие установило, что предприятие, с которым был заключен госконтракт, не имело необходимых производственных мощностей и соответствующего оборудования. 10 июня 2011 года Московский гарнизонный военный суд приговорил генерал-майора к четырем годам тюрьмы.

В июле 2011 года Генпрокуратура возбудила дело о мошенничестве против гендиректора ЗАО "Специальная производственно-техническая база "Звездочка"" (ЗАО СПТБ "Звездочка") Федора Барашко, подозреваемого в хищении 265 млн руб., выделенных на ремонт крейсера "Петр Великий". Следствие выяснило, что оплаченные Минобороны работы не были выполнены. 17 июня 2015 года Полярный райсуд Мурманской области приговорил Федора Барашко к восьми годам.

В октябре 2012 года СКР возбудил дело о мошенничестве в подконтрольном Минобороны холдинге "Оборонсервис". Ущерб от продажи военного имущества и акций предприятий по заниженной стоимости оценивался в 6,7 млрд руб. Главной фигуранткой стала экс-глава департамента имущественных отношений Минобороны Евгения Васильева, которая 8 мая 2015 года была осуждена на пять лет лишения свободы (25 августа вышла на свободу по УДО). Еще 12 фигурантов были в 2013-2015 годах осуждены на сроки от двух лет до четырех лет и трех месяцев лишения свободы. Скандал привел к отставке, а позже и уголовному преследованию министра обороны Анатолия Сердюкова по статье "Халатность", которое было прекращено по амнистии.

Михаил Малаев