6 мая 2012 года в Москве на Болотной площади санкционированный «Марш миллионов» перерос в столкновения с полицией. За противоправные действия было задержано более 400 человек, пострадавшими признаны 54 полицейских. В тот же день Следственный комитет России возбудил дело по ч. 3 ст. 212 (массовые беспорядки) и ч. 1 ст. 318 (насилие в отношении представителя власти) УК РФ.

27 мая в лагере «ОккупайАрбат» задержана первая фигурантка дела, 18-летняя Александра Духанина; затем задержания продолжились. 11 июня прошли обыски в квартирах оппозиционеров Алексея Навального, Сергея и Анастасии Удальцовых, Ильи Яшина, Ксении Собчак. Их допросили в качестве свидетелей. У госпожи Собчак изъяли €1,1 млн, $522,4 тыс. и 485,3 тыс. руб. (27 сентября СК сообщил о возвращении изъятых средств, не выявив фактов уклонения от уплаты налогов).

21 августа Следственный комитет «для скорейшего завершения предварительного расследования» выделил в отдельное производство дела подмосковного предпринимателя Максима Лузянина и безработного Михаила Косенко. Первый раскаялся и признал свою вину, у второго выявлено психическое расстройство.

15 октября главное следственное управление СК завершило расследование и передало в суд дело Максима Лузянина. Дело Михаила Косенко направлено прокурору для принятия решения о принудительном лечении.

9 ноября вынесен первый приговор. Максим, полностью признавший вину, осужден на 4,5 года.

10 января 2013 года следствие объединило дело о беспорядках на Болотной с делом о приготовлении к массовым беспорядкам, возбужденным в отношении Сергея Удальцова, Константина Лебедева и Леонида Развозжаева после фильма «Анатомия протеста-2». В ленте утверждалось, что деньги на протесты давал грузинский политик Гиви Таргамадзе.

25 апреля Мосгорсуд приговорил к 2,5 года колонии Константина Лебедева, признавшегося в организации беспорядков и заключившего сделку со следствием.

28 апреля задержан 28-й, последний на тот момент фигурант — лидер движения «Антифа» Алексей Гаскаров. Двое уже были осуждены, шестеро находились под подпиской о невыезде, по двое — под домашним арестом и в розыске, остальные — в СИЗО.

22 мая Генпрокуратура направила в Замоскворецкий суд уголовное дело в отношении 12 фигурантов дела.

17 сентября Европейский суд по правам человека (ЕСПЧ) объединил семь жалоб фигурантов дела в единое производство. Они просили ЕСПЧ обязать Россию принять меры для устранения допущенных нарушений и выплатить каждому компенсацию в размере €100 тыс. 24 сентября еще двое обвиняемых обратились с жалобами в ЕСПЧ.

8 октября Замоскворецкий суд признал виновным Михаила Косенко в участии в массовых беспорядках и применении насилия к представителю власти и назначил ему принудительное лечение.

19 декабря тот же суд прекратил уголовное преследование четырех фигурантов «болотного дела» по амнистии, объявленной Госдумой в связи с 20-летием Конституции РФ. Двое из них, Леонид Ковязин и Владимир Акименков, были освобождены в зале суда.

23 декабря Генпрокуратура России направила в Замоскворецкий районный суд уголовное дело в отношении участника беспорядков Дмитрия Алтайчинова. 24 декабря был амнистирован еще один фигурант Дмитрий Рукавишников.

В январе-феврале 2014 года были амнистированы еще шестеро фигурантов.

24 февраля Замоскворецкий суд приговорил восьмерых фигурантов дела. Александра Духанина получила условный срок, Сергей Кривов, Андрей Барабанов, Денис Луцкевич, Степан Зимин, Алексей Полихович, Ярослав Белоусов, Артем Савелов — от 2,5 до 4 лет лишения свободы. Ущерб от беспорядков был оценен в 28 млн руб.

24 апреля Константин Лебедев был освобожден по УДО, 6 мая он был отпущен из изолятора.

27 мая было предъявлено обвинение еще одному фигуранту — Дмитрию Ишевскому, на следующий день он был помещен под арест.

20 июня Мосгорсуд смягчил приговор двум из восьми осужденных за участие в массовых беспорядках на Болотной площади. Сергею Кривову приговор был смягчен с 4 до 3,9 года, Ярославу Белоусову — с 2,5 до 2,3 года. 26 июня была амнистирована еще одна фигурантка.

24 июля Мосгорсуд приговорил Леонида Развозжаева и Сергея Удальцова к 4,5 года лишения свободы за организацию массовых беспорядков.

18 августа Алексей Гаскаров, Илья Гущин, Александр Марголин и Елена Кохтарева были приговорены к различным срокам от условного до 3,5 года.

8 сентября на свободу вышел Ярослав Белоусов, ставший первым осужденным, полностью отбывшим срок наказания.

30 сентября Генпрокуратура направила в суд дело в отношении Дмитрия Ишевского. 10 октября он был осужден на 3,2 года колонии.

31 декабря из колонии в Рязанской области вышел отбывший полный срок наказания Артем Савелов.

26 февраля 2015 года под домашний арест был помещен 33-й фигурант. Инженер-конструктор НПО «Родина» Иван Непомнящих подозревается в том, что 6 мая 2012 года на Болотной площади бил правоохранителей зонтом. 20 августа арест был продлен на полгода.

22 июня по УДО был отпущен Степан Зимин. 5 августа из колонии по истечении срока заключения вышел Илья Гущин.

17 сентября ЕСПЧ вынес решение по жалобам Леонида Ковязина, Ильи Гущина и Артема Савелова, признав, что РФ нарушила их права на справедливое судебное разбирательство. Им были назначены компенсации от €2 тыс. до €3 тыс.

19 октября Рязанский райсуд освободил по УДО Алексея Полиховича, 30 октября он покинул колонию под Рязанью.

Михаил Малаев