По данным Росавиации, в 2015 году с января по октябрь регулярными рейсами между Россией и Египтом были перевезены 4,4 млн пассажиров, из которых 3,6 млн — чартерными рейсами и 829 тыс. человек — регулярными.

Спустя неделю после авиакатастрофы A321 Росавиация получила указание от Минтранса о прекращении полетов в Египет до того момента, когда будут устранены замечания по обеспечению авиационной безопасности в аэропортах Египта. Это было сделано после того, как Владимир Путин согласился с рекомендациями Национального антитеррористического комитета приостановить авиасообщение с Египтом. Президент также поручил обеспечить содействие гражданам России в возвращении из Египта. Тогда же пресс-секретарь президента Дмитрий Песков пояснил, что эта мера вводится не до окончания расследования катастрофы самолета «Когалымавиа», а до тех пор, пока не будет обеспечен должный уровень безопасности. 9 ноября российские авиакомпании приостановили полеты в Египет. В середине ноября Росавиация запретила полеты египетского перевозчика EgyptAir.

С 6 ноября до середины декабря 12 российских авиакомпаний выполнили более 415 рейсов из Египта в Россию и вывезли более 89 тыс. пассажиров; бортами МЧС, ВВС и грузовой авиакомпанией «Волга-Днепр» были выполнены 37 грузовых рейсов и доставлены в страну 779 тонн багажа.

После теракта на борту «Когалымавиа» была сформирована рабочая группа из представителей силовых органов и Росавиации, которая несколько раз проверяла безопасность египетских аэропортов. Российская сторона всегда настаивала на максимальном привлечении к работе в местных аэропортах российских специалистов с использованием отечественного оборудования.

В начале 2016 года российские чиновники давали понять, что консультации по авиабезопасности между Москвой и Каиром могут в перспективе привести к возобновлению полетов в весенне-летнем сезоне при выполнении всех условий по безопасности.

Россия, в частности, потребовала введение биометрического контроля, многоуровневой проверки багажа, проверки бортового питания и видеонаблюдения по периметру аэропортов. Позднее власти Египта заявили о готовности предоставить российским туристам отдельные зоны в аэропортах для контроля при въезде и выезде.

В сентябре глава российского Минтранса Максим Соколов после визита в Египет отметил большой прогресс в безопасности египетских аэропортов, однако указал, что говорить о восстановлении авиасообщения преждевременно.

В октябре господин Соколов отметил, что осталось решить единичные вопросы в аэропортах Каира, Шарм-эш-Шейха и Хургады, но добавил, что окончательное решение «будет принимать руководство страны до конца года».