В апреле 2005 года президентом РФС был избран Виталий Мутко. На выборах он с подавляющим преимуществом — 96 голосов против одного — победил главу Всероссийской ассоциации футбола Анзора Кавазашвили. Такой исход борьбы во многом был обусловлен тем, как прошла отставка прежнего главы РФС Вячеслава Колоскова, руководившего отечественным футболом с 1979 года. В январе 2005-го он подал в отставку, «посоветовавшись с товарищами из Кремля». Уходя, господин Колосков пытался продвинуть на освободившееся место своего ближайшего соратника, генерального директора РФС Александра Тукманова, пользовавшегося авторитетом в футбольном мире и имевшего, как считалось, хорошие шансы победить продвигаемого Кремлем Виталия Мутко. Однако после того, как сотрудники департамента экономической безопасности МВД провели в офисе РФС обыск с последующим изъятием финансовой документации, господин Тукманов предпочел снять свою кандидатуру, лишив выборы интриги.

Незадолго до выборов в феврале 2010 года, перед которыми Виталий Мутко оставил пост президента РФС, сосредоточившись на работе министром спорта РФ, многие источники считали их потенциальным фаворитом Сергея Капкова, председателя правления фонда «Национальная академия футбола», созданного Романом Абрамовичем и игравшего важную роль в отечественном футболе. Но господин Капков от выдвижения отказался. Единственным соперником главы «Национальной Медиа Группы» Сергею Фурсенко был руководитель Фонда развития футбола Алишер Аминов. Он набрал всего 11 голосов, но смог благодаря участию в выборах представить программу, построенную во многом на жесткой критике деятельности РФС, и завоевал симпатии некоторых заметных функционеров.

Внеочередные выборы в сентябре 2012 года были назначены после досрочного ухода Сергея Фурсенко в отставку на фоне провала сборной России на чемпионате Европы. Они получились невероятно острыми. На президентский пост претендовали семь кандидатов. Причем про большинство из них нельзя было сказать, что они служат исключительно «фоном». Реальная же борьба за должность развернулась между двумя спортивными «тяжеловесами» — известным футбольным функционером Николаем Толстых, работавшим исполнительным директором Олимпийского комитета России, и главой Российской футбольной премьер-лиги Сергеем Прядкиным. Впервые в истории РФС для того, чтобы выявить победителя, пришлось проводить два тура голосования — первый его не определил. Во втором Николай Толстых выиграл у Сергея Прядкина с небольшим перевесом — 148 голосов против 124.

В сентябре 2015 года Виталий Мутко, покинувший РФС после того, как президент России Дмитрий Медведев запретил федеральным чиновникам занимать руководящие посты в спортивных федерациях, вернулся к управлению футболом. За время отсутствия господина Мутко федерация оказалась в кризисе. Николай Толстых не сумел наладить отношения со спонсорами, и в результате долги РФС, по разным оценкам, составляли от 1,2 млрд до 2 млрд руб. Решением конференции РФС господин Толстых был отстранен от должности и были назначены внеочередные выборы. На них Виталий Мутко был единственным кандидатом и получил голоса всех делегатов конференции РФС.

В сентябре 2016 года на очередной отчетно-выборной конференции РФС Виталий Мутко был переизбран президентом. Конкуренцию, причем заметную, ему составил один из наиболее титулованных тренеров российского футбола Валерий Газзаев, набравший в итоге 142 голоса. Впрочем, «вес» господина Мутко оказался еще внушительнее — он получил 266 голосов.