В адрес президента Омара Бонго и членов его семьи неоднократно звучали обвинения в коррупции.

В 1997 году в европейских СМИ появились сообщения о взятках, которые давали высокопоставленным должностным лицам Габона представители французской нефтяной компании Elf Aquitaine и ее дочерней фирмы Elf Gabon. По запросу французских следователей власти Швейцарии заморозили в швейцарских банках два многомиллионных счета, через которые предположительно переводились взятки. Оба счета были связаны с Омаром Бонго.

В 1999 году в Сенате США прошли слушания, посвященные клиентам Citibank, пользующимся персональным банковским обслуживанием (private banking). Среди счетов, попавших под подозрение, были и счета президента Габона. В 1985-м Citibank создал для Омара Бонго частную инвестиционную компанию Tendin, зарегистрированную на Багамских Островах. Первоначальный вклад составлял $52 млн. К 1999 году сумма на счету превысила $130 млн. Банк также предоставил Бонго кредит в размере $50 млн. В банковском профиле клиента значилось: «Глава государства на протяжении более чем 25 лет. Стал состоятельным благодаря должности. Нефтедобывающая страна». После того, как Федеральная резервная система запросила у Citibank дополнительную информацию об источнике происхождения средств, банк сообщил следующее: средства клиента пополняются за счет его должности и связей с французскими нефтяными компаниями. Также представители банка утверждали, что основным источников дохода их клиента является госбюджет Габона, из которого выделяются средства на личные расходы президента. Эта информация, как выяснилось на сенатских слушаниях, не соответствовала действительности.

Однако никаких мер против Бонго принято не было, так как, по американским законам, банки ничего не нарушают, занимаясь трансграничными переводами денег, полученных за счет коррупции на территории другой страны.

В феврале 2009 года во Франции по решению суда были заморожены девять банковских счетов Омара Бонго, на которых находилось в общей сложности €4,39 млн. Тринадцатью годами раньше французский бизнесмен Рене Кардона продал президенту Бонго свою фирму, занимающуюся рыболовством и морскими перевозками. У Кардоны и Бонго возник спор, закончившийся тем, что президент Габона посадил бизнесмена в тюрьму. Сын Кардоны перевел около €460 тыс. на личный счет Бонго, чтобы тот освободил отца. Впоследствии сын подал на президента Габона иск во французский суд, который приговорил Бонго к возврату денег суммы с учетом процентов и оплате судебных издержек — на общую сумму около €1,1 млн. В обеспечение выплаты и были заблокированы банковские счета габонского лидера.

В том же 2009 году испанская газета El Pais опубликовала полученный от сайта Wiki конфиденциальный меморандум посольства США в Камеруне. В нем со ссылкой на источник в Банке государств Центральной Африки сообщалось, что из банка за пять лет было похищено около $36 млн. Среди тех, кому достались украденные деньги, были Омар и Али Бонго. Также часть средств была направлена французским политическим партиям и политикам, в том числе экс-президенту Жаку Шираку и президенту Николя Саркози.

В 2007-м французские некоммерческие организации Sherpa и Survie, занимающиеся борьбой с финансовыми преступлениями и коррупцией, а также федерация конголезцев, живущих за рубежом, обратились в прокуратуру Франции, требуя расследовать деятельность глав пяти африканских государств, скупающих французскую дорогую недвижимость на похищенные государственные средства. В 2008 году к обвинениям присоединилось французское отделение правозащитной организации Amnesty International.

В ходе расследования французская финансовая полиция и судья Франсуаза Дессе установили, что Бонго и его родственникам принадлежит 33 объекта элитной недвижимости в Париже и в Ницце общей стоимостью около €160 млн. В 2013 году следователям удалось обнаружить еще шесть объектов недвижимости общей стоимостью не менее €21 млн.

Омар Бонго, его супруга Эдит и их дети-подростки Омар-младший и Ясин также коллекционировали дорогие автомобили. Всего в автопарке семьи Бонго насчитывалось 183 машины.

Дочь президента Паскалин в период c 2008 по 2010 год постоянно перемещалась по миру вместе с родными и друзьями, арендуя самолеты у швейцарской компании Travcon AG и не оплачивая счета. Когда сумма долга достигла $86 млн, швейцарская фирма добилась ареста габонского самолета в виде обеспечения, но властям Габона удалось освободить лайнер. В 2006–2007 годах Паскалин Бонго потратила около $1,64 млн на покупку наручных часов. В 2017-м она выставила на продажу свой дом в Беверли-Хиллз за $17,5 млн.

Французский веб-сайт в 2015 году получил доступ к конфиденциальным документам, согласно которым компания Delta Synergie, принадлежащая членам семьи Бонго, владеет активами практически во всех секторах экономики Габона — банковской сфере, страховании, недвижимости, сельском хозяйстве, горнорудной промышленности, добыче нефти и газа, деревообработке, транспорте, фармацевтики, авиации, а также имеет тесные деловые связи с французскими мультинациональными корпорациями, работающими в Габоне.

В 2017 году французское расследование против семьи Бонго было прекращено: «в связи с недостаточностью свидетельств» не было выдвинуто ни одного обвинения.