В 2016–2018 годах Главное военное следственное управление (ГВСУ) Следственного комитета России (СКР) расследовало ряд уголовных дел в отношении высокопоставленных должностных лиц Спецстроя России, в том числе касающихся преступлений, совершенных при выполнении федеральной целевой программы, связанной со строительством космодрома Восточный. К уголовной ответственности привлечены бывшие первый заместитель и заместитель директора Спецстроя России Александр Загорулько и Александр Буряков, а также представители субподрядных коммерческих организаций Ваха Арцыгов, Кадыр Караханов и Арсен Ошакбаев. Органами предварительного следствия они обвинялись в хищении путем мошенничества в составе организованной группы бюджетных денежных средств на общую сумму более 1,09 млрд руб. при заключении и исполнении договоров на выполнение строительно-монтажных работ на различных объектах. Загорулько, кроме того, обвинялся в получении взятки в виде автомобиля Lexus LX-570 стоимостью более 4,52 млн руб. В результате Загорулько и Караханов получили по восемь лет колонии каждый, Буряков — пять лет лишения свободы, Ошакбаев и Арцыгов — по четыре года. Осужденным также назначены крупные штрафы.

Ранее Центральным районным судом Хабаровска к шести годам трем месяцам лишения свободы был приговорен бывший заместитель начальника структуры Спецстроя — ФГУП «Дальспецстрой» Михаил Гельман, который обвинялся в использовании своих полномочий вопреки интересам службы, что повлекло тяжкие последствия — срыв исполнения государственного контракта по строительству водозаборных сооружений объектов космодрома Восточный, а также причинение материального ущерба государству на сумму свыше 1,86 млрд руб.

Кроме того, суд вынес приговор по делу бывшего главы ФГУП «Дальспецстрой» Юрия Хризмана и его сына Михаила. Юрий Хризман являлся главным фигурантом расследования масштабных хищений при строительстве космодрома Восточный. По версии следствия, которую признал суд, генерал и его сообщники потратили авансы по 11 госконтрактам на цели, не связанные со строительством: в частности, деньги пошли на погашение кредитов, полученных предприятием. Ущерб по этому эпизоду составил 5,2 млрд руб. Помимо этого было установлено, что Юрий Хризман и его сын Михаил похитили у ФГУПа 105,9 млн руб. при закупках по завышенным ценам. В феврале 2018 года Юрий и Михаил Хризманы были осуждены на 12 лет и 5,5 года заключения соответственно. Однако затем наказание Хризману-старшему сократили на полгода, а его сын был освобожден в связи с истечением срока давности преступления.