В декабре 1991 года была арестована Неджмие Ходжа — вдова диктатора, главный идеолог режима, занимавшая посты директора Института исследований марксизма-ленинизма при ЦК АПТ и Высшей партийной школы имени Ленина. В январе 1993 года она предстала перед судом. Но предъявленные ей обвинения не имели никакого отношения к ее причастности к политическим репрессиям, убийствам и пыткам. Ее обвинили в злоупотреблении служебным положением и растрате государственных средств на сумму 764 тыс. леков ($76 400 по обменному курсу того времени). Эти деньги были израсходованы в основном на кофе и продукты. Неджмие Ходжа была приговорена к девяти годам лишения свободы. После апелляции срок заключения был увеличен на два года. Неджмие Ходжа вышла на свободу досрочно, проведя в заключении пять лет.

В 1993 году был осужден обвиненный в растрате государственных средств и подделке документов лидер Демократической партии Фатос Нано. Из 12 лет, к которым он был приговорен судом, Нано провел в тюрьме два года.

Рамиз Алия привлекался к судебной ответственности несколько раз. В 1994 году он вместе с еще девятью бывшими функционерами АПТ был обвинен в злоупотреблении служебным положением и растрате государственных средств. Обвиняемых пресса прозвала «людьми из Блоку». Блоку — район вилл партийной элиты в Тиране. Обвинения были связаны с крупными расходами на обслуживание этих вилл за государственный счет, спецснабжением продуктами питания и использованием золота из государственных запасов для зубопротезирования. Алия был приговорен к девяти годам лишения свободы, но провел в тюрьме чуть больше года. В 1996 году он был снова арестован и обвинен в преступлениях против человечности, совершенных в период правления Энвера Ходжи. Во время беспорядков 1997 года он сумел бежать из заключения, а после победы Социалистической партии на выборах в том же году был освобожден от судебного преследования.

В 1995 году президент Бериша подписал указ о лишении всех наград и почетных званий руководителей коммунистического режима (в том числе посмертно). В том же году были приняты закон о верификации морального облика должностных и прочих лиц, связанных с обороной демократического государства, и закон о геноциде и преступлениях против человечности, совершенных в Албании во время коммунистического режима по политическим, идеологическим и религиозным мотивам. Согласно этим законам, кандидат на выборную должность должен был проходить проверку. Специальная государственная комиссия определяла, не был ли он пособником «Сигурими» в преступлениях против албанского народа.

В 2015 году в Албании был принят закон, открывающий доступ к архивам спецслужбы «Сигурими». Граждане, подвергавшиеся преследованиям в годы коммунистического режима, получили возможность ознакомиться с досье на себя.