Что роднит вариант «омикрон» с его уханьским прародителем
Ниже приведены номера аминокислот с их заменами в белке S в сравнении с исходным уханьским вариантом коронавируса, с некоторыми дополнительными обозначениями.
Замены в S-белке:
- Левая N-концевая часть последовательности до рецептор-связывающего домена A67V, Δ69-70, T95I, G142D, Δ142-144, Y145D, Δ211, L212I, ins214EPE,
- Рецептор-связывающий домен (РСД): G339D, S371L, S373P, S375F, K417N, N440K, G446S, S477N, T478K, E484A, Q493R, G496S, Q498R, N501Y, Y505H,
- Район между РСД и сайтом разрезания клеточной протеазой фурин: T547K, D614G, H655Y,
- Район сайта разрезания клеточной протеазой фурин: N679K, P681H,
- Правая, С-концевая часть белка S: N764K, D796Y, N856K, Q954H, N969K, L981F.
Отметим, что половина (15) из 30 замен находятся в RBD-домене (остатки 319-541).
Отметим также, что целый ряд замен у «омикрона» совпадает с заменами у варианта «альфа» (красный цвет), и это говорит о том, что у них общие корни. Интересно также отметить, что есть общие замены с вариантом «бета» (показаны синим цветом). С вариантом «гамма» замен мало (показаны зеленым). Но есть общие замены с вариантом «дельта» (их 3 — коричневый цвет), а ряд общих замен есть еще и у вариантов «дельта», «бета» и «гамма» (417 и 614 положения), которые есть и в «омикроне».