Гидроочистка с различными вариантами технических решений — практически единственный широко применяемый промышленный метод очистки углеводородного топлива от серы. Основной недостаток — относительно высокая стоимость установок и их эксплуатации.
Другие способы десульфуризации включают окислительное обессеривание (селективное окисление СОС по атому серы окислителями в присутствии катализатора с последующим выделением окисленных соединений), экстракция (использование свойства более высокой растворимости серосодержащих соединений по сравнению с углеводородами в определенных растворителях), осаждение (образование и последующее удаление нерастворимого комплекса, содержащего серу), адсорбция (способность твердых пористых материалов адсорбировать СОС из жидкого топлива). В промышленности эти способы активно не применяются в силу своей недостаточной эффективности. Превзойти процесс гидроочистки для широкого класса нефтепродуктов пока не удается, но для определенных групп и в конкретных условиях альтернативные процессы могут оказаться более успешными.