Некоторые виды бактериальных инфекций, например боррелиоз, иногда могут вызывать не менее тяжелые симптомы, чем энцефалит. Все зависит от степени зараженности клеща, времени его контакта с укушенным, уровнем иммунитета пациента и, наконец, от применения и своевременности полученной терапии. От вирусов помогают только многократные прививки с проверкой титра антител. А при инфицировании боррелией наилучший терапевтический эффект дает применение антибиотиков в первые дни после укуса. Чем позже начата терапия, тем сложнее победить инфекцию и выше риск осложнений.

Иксодовые клещи переносят около двадцати из более ста видов боррелий. Известно два разных типа боррелиоза. Первый вызван боррелиями из группы Borrelia burgdorferi sensu lato, и его еще называют Лайм-боррелиоз. Болезнь Лайма вызывают как минимум восемь видов боррелий, из которых на территории Российской Федерации встречаются Borrelia afzelii, Borrelia bavariensis, Borrelia burgdorferi sensu stricto, Borrelia garinii и Borrelia valaisiana. Некоторые из них имеют повышенную стойкость к антибиотикам.

Одна из важных особенностей Лайм-боррелиоза (болезни Лайма), сильно снижающая возможность его диагностики,— это очень узкое временное окно, в течение которого он выявляется по анализу крови: второй-третий день. Такая же ситуация обстоит с диагностикой клещевого энцефалита. Но если при укусе клеща инъекция иммуноглобулина делается превентивно, независимо от того, был ли клещ заражен, то антибиотики во всем мире не принято принимать «на всякий случай». В странах, где антибиотики от боррелий и прочих инфекций не выписывают превентивно после укуса клеща, а для их назначения требуется обязательное обоснование в виде подтвержденной инфекции в напавшем клеще или в анализе крови укушенного, пациенты обычно сталкиваются с более серьезными последствиями. От Лайм-боррелиоза могут возникать тяжелые поражения кожи и нейродегенеративные симптомы, как при клещевом энцефалите, нередко в виде поражений мышц, паралича и даже комы. Запущенные случаи вовремя не вылеченного боррелиоза также могут приводить впоследствии к пожизненным систематическим головным болям и инвалидизации.

Второй, недавно открытый боррелиоз вызывается боррелиями вида Borrelia myiamotoi. Ближайшие родственники этих боррелий встречаются не в иксодовых, а в аргасовых клещах, мягких клещах, как прозвали в народе (у них отсутствует твердый щиток на спине, как у иксодовых клещей). Заболевание, вызванное Borrelia myiamotoi, так и называется — боррелиоз миамотои. В отличие от Лайм-боррелиоза боррелиоз миамотои легко диагностируется по крови и, несмотря на более острое начало инфекции — головная боль, высокая температура и т. д., не хронизуется и относительно просто излечивается приемом антибиотиков. При отсутствии лечения бывает двухволновое течение болезни.