В 1997 году Эдмонд Сафра основал благотворительный фонд, которым после его смерти руководила его вдова Лили Сафра.

Филантропический фонд Эдмонда Дж. Сафры оказал материальную поддержку сотням организаций более чем в сорока странах мира. Главными направлениями работы фонда были: образование, наука и медицина, религия, культурные и гуманитарные программы.

Наиболее значимыми проектами в области образования стало финансирование Центра этики в Гарвардском университете и научного кампуса Еврейского университета в Иерусалиме, а также поддержка деятельности мемориального комплекса истории холокоста в Иерусалиме «Яд ва-Шем».

Фонд вкладывал и вкладывает значительные средства в проекты по исследованию болезни Паркинсона и уходу за больными в ведущих университетах и научных институтах мира. В их числе: Институт неврологии Университетского колледжа Лондона, Королевский колледж Лондона, Имперский колледж Лондона, Университет Торонто, Нью-Йоркский университет, Университет Лунда (Швеция), Медицинский центр «Хадасса» (Израиль), больничный комплекс Питье-Сальпетриер (Париж), Университет Жозефа Фурье (Гренобль), Фонд Майкла Дж. Фокса по исследованию болезни Паркинсона, Международный институт неврологии имени Эдмонда и Лили Сафра (Наталь, Бразилия), Центр наук о мозге имени Эдмонда и Лили Сафра Еврейского университета в Иерусалиме, включающего передовой исследовательский центр, школу для одной тысячи детей из неблагополучных семей в регионе и женскую медицинскую клинику. В Еврейском университете в Иерусалиме фонд сделал исторический подарок, создав крупнейший центр исследований мозга в Израиле и один из самых амбициозных в мире: Центр наук о мозге имени Эдмонда и Лили Сафра.

Фонд также поддерживает медицинские учреждения, оказывающие помощь онкологическим больным и инвалидам.

Фонд построил и отреставрировал синагоги по всему миру, среди которых синагога Эдмонда Дж. Сафры в Нью-Йорке, Большая хоральная синагога в Санкт-Петербурге, Московская хоральная синагога и более дюжины синагог в городах по всему Израилю. Фонд спонсировал реконструкцию молитвенного зала и площади у Стены плача в Иерусалиме и финансирует французские переводы еврейской Библии и 72-томного Вавилонского Талмуда.

Поддержку фонда получали Институт искусства Курто (Лондон), Музей еврейского наследия (Нью-Йорк), Национальная галерея искусства (Вашингтон), Израильский филармонический оркестр, Большой театр Женевы.

Также фонд оказывает поддержку жертвам природных и гуманитарных катастроф.