9 мая 2012 года предсерийный экземпляр SSJ 100–95Б (регистрационный номер 97004, 2009 года выпуска) компании «Гражданские самолеты Сухого» близ Джакарты (Индонезия) врезался в склон горы Салак в ходе демонстрационного полета. Погибли все находившиеся на борту 45 человек. Причинами крушения, согласно отчету индонезийского Национального комитета по безопасности на транспорте, стали ошибки экипажа, отсутствие у него достоверных данных о рельефе местности, а также невнимательность и перегруженность диспетчеров.

25 октября 2015 года SSJ 100–95Б (регистрационный номер XA-PBA, 2013 года выпуска) авиакомпании Interjet в ходе технической транспортировки в аэропорту Мехико (Мексика) врезался в телескопический трап. Никто не пострадал. Борт получил значительные повреждения носовой части и позже был списан. Согласно расследованию мексиканского Федерального агентства гражданской авиации, причиной аварии стало «позднее торможение после разрыва предохранителей штифтов носовой стойки шасси».

10 октября 2018 года SSJ 100–95Б (регистрационный номер RA-89011, 2012 года выпуска) авиакомпании «Якутия», летевший из Улан-Удэ в Якутск, после приземления выкатился за пределы взлетно-посадочной полосы (ВПП). За медицинской помощью обратились четыре пассажира. Самолет получил повреждения стоек шасси и силовых элементов планера, в результате чего произошла утечка топлива без дальнейшего возгорания. Самолет был списан. Согласно выводам комиссии Межгосударственного авиационного комитета (МАК), причиной аварии стали неверные данные об обледенении ВПП, которые экипаж получил от служб аэродрома.

5 мая 2019 года SSJ 100–95Б (регистрационный номер РА-89098, 2017 года выпуска) авиакомпании «Аэрофлот» вылетел из Шереметьево в Мурманск, но вскоре вернулся из-за попадания молнии. При посадке лайнер ударился о ВПП, стойки шасси подломились и пробили топливный бак. Самолет сгорел, погиб 41 человек из 78 находившихся на борту. В июне 2023 года без окончательного заключения о причинах катастрофы от МАК городской суд подмосковных Химок приговорил к шести годам колонии-поселения пилота Дениса Евдокимова по обвинению в нарушении правил безопасности движения воздушного судна. Пилот не признал вину, утверждая, что причинами катастрофы стали конструктивные недостатки SSJ 100.

12 июля 2024 года SSJ 100–95LR (регистрационный номер РА-89049, 2014 года выпуска) авиакомпании «Газпром авиа» разбился в Подмосковье, выполняя тестовый полет после планового ремонта. Погибли все трое членов экипажа. Согласно промежуточному отчету МАК, причиной крушения мог стать сбой или неправильная установка датчика угла атаки (угла между вектором скорости самолета и плоскостью, в которой лежит крыло).