Одной из первых проблем Олимпийского оргкомитета стало освобождение площадей под строительство олимпийских объектов, поскольку для этого требовалось снести несколько кварталов в центральных районах Пекина. По данным оргкомитета, переселению должны были подвергнуться около 6 тыс. человек, однако женевская правозащитная организация Centre on Housing Rights and Evictions сообщала о 1,5 млн переселенных пекинцев. К маю 2005 года в Пекине, по данным британской газеты The Times, переселили более 300 тыс. человек. Вместо квартир в районах, близких к центру Пекина, переселенцам давали малогабаритное жилье в новостройках на окраине. Подобная политика вызвала масштабные протесты, в результате которых были арестованы десятки человек. Однако громкие случаи переселения привлекли внимание мировых и китайских СМИ, после чего власти сменили тактику. С лета 2005 года для переселенцев в спешном порядке строились зеленые микрорайоны недалеко от центра столицы, а площадь квартир при переселении увеличивалась примерно в полтора раза. После этого количество недовольных резко сократилось.
Начало строительства некоторых олимпийских объектов было запланировано на 2004 год, а ввод в эксплуатацию — на 2006 год. Позднее эти сроки были сдвинуты на год, но и после этого они не были выдержаны. Например, главный стадион Игр — "Птичье гнездо" — был готов только к концу июня 2008 года. Причин этому названо много: нерациональное расходование средств, производившийся в ходе строительства пересмотр проектов из-за роста стоимости стройматериалов. Повлиял на темпы строительства и сопутствовавший ему финансовый скандал: по итогам проверки созданного в 2003 году специального комитета по контролю за распределением средств, выделенных на Олимпиаду, в июне 2006 года был уволен мэр Пекина Лю Чжихуа, отвечавший в том числе за строительство спортивных сооружений. Его обвинили в вымогательстве взятки у иностранного бизнесмена, пытавшегося приобрести участок земли в Пекине. Еще одним фактором, тормозившим работы, стали различные археологические находки на месте строительных работ. Так, при возведении олимпийского стрельбища было обнаружено захоронение возрастом около 500 лет. А всего в ходе работ было найдено около тысячи археологических объектов.
Задолго до начала Олимпийских игр в Пекине эксперты выражали недовольство качеством воздуха в столице Китая. Для борьбы со смогом власти страны закрыли или вывели за пределы Пекина более 200 предприятий, убрали с дорог 50 тыс. такси и 10 тыс. автобусов, выхлоп которых не соответствовал стандартам, а также ограничили использование частного автотранспорта и угольных печей в домах. По данным организаторов, это дало положительный эффект, однако 28 июля Австралийский олимпийский комитет заявил, что сборная страны может отказаться от участия в Олимпиаде из-за плохой экологической обстановки. 6 августа команда США по велоспорту прибыла в Пекин в респираторных масках, но после того как прилетевший на следующий день в Китай президент США Джордж Буш появился на улице без маски, велогонщики принесли организаторам Игр письменные извинения.
В июне 2007 года британская профсоюзная группа Playfair Alliance обвинила нескольких китайских производителей олимпийской символики и сувениров в использовании детского труда и эксплуатации работников. По итогам проведенной проверки двое производителей оштрафованы на 1,37 млн юаней (около $200 тыс.) за эксплуатацию труда сотрудников, а одну фабрику лишили олимпийской лицензии за использование детского труда.
1 мая 2008 года американский сенатор Сэм Браунбек во время брифинга, посвященного правам человека в Китае, обвинил правительство КНР в том, что оно обязало иностранных владельцев гостиниц установить программное обеспечение для отслеживания и фильтрации интернет-трафика во время Олимпиады. По его словам, владельцы гостиниц поставлены в неловкое положение, поскольку им придется предупреждать своих постояльцев о том, что их активность в интернете будет отслеживаться властями Китая. Однако, несмотря на выступление Браунбека и других активистов, Китай не отказался от цензуры в сети и во время Игр в олимпийской деревне не было доступа к китайской версии сайта BBC, сайтам Amnesty International, радиостанции "Свободная Азия" и многим другим.
3 июня 2008 года оргкомитет Игр опубликовал правила для визитеров-иностранцев. Гостям запретили организовывать или принимать участие в акциях протеста, ввозить любые предметы, оскорбляющие Китай или могущие вызвать беспорядки, выезжать в закрытые районы страны, а также спать на улицах. Спортсменам запретили выражать собственное мнение о происходящем в Тибете или иным образом критиковать политику Китая. Однако уже 3 августа оргкомитет заявил о том, что желающие провести акцию протеста должны направить властям просьбу о ее разрешении за пять дней до акции. Для проведения акций протеста в Пекине выделили специальные зоны в трех городских парках, но они не пользовались популярностью у демонстрантов — то ли из-за удаленности от олимпийских объектов, то ли из-за строгих правил, регулирующих проведение митингов. 6 августа китайская полиция арестовала трех граждан США и одного британца, устроивших акцию протеста неподалеку от пекинского стадиона "Птичье гнездо". Демонстранты, входящие в движение "Студенты за свободный Тибет", привязали к опорам ЛЭП транспаранты с надписями "Тибет будет свободен" и "Один мир, одна мечта: свободный Тибет". Все задержанные были депортированы. 7 августа на площади Тяньаньмэнь были задержаны еще трое активистов из США, выступающих за религиозные свободы и против абортов. Они тоже были высланы из страны.
Одной из самых больших проблем, с которыми столкнулись организаторы, стало большое количество мошенников, организовавших сайты по продаже билетов на Олимпиаду. Жертвами таких преступников стали несколько сотен жителей США, Европы, Австралии, Японии и даже родители некоторых спортсменов, например британской пловчихи Ребекки Адлингтон. Два мошеннических сайта — www.beijingticketing.com и www.beijing-tickets2008.com — были закрыты. Из-за спекулянтов, перепродающих билеты по цене, иногда в 100 раз превышающей номинальную, многие трибуны во время соревнований оказались пустыми. Так, в зоне Olympic Green, где ожидалось 200 тыс. зрителей ежедневно, было только около 40 тыс. болельщиков. Это вызвало недовольство крупных спонсоров, которые пригрозили Международному олимпийскому комитету отказом от участия в финансировании следующей Олимпиады. МОК обязал организаторов Игр решить эту проблему, и власти Китая стали пускать на трибуны волонтеров. В ходе борьбы со спекулянтами было задержано около 300 человек.
Еще одной проблемой, с которой столкнулись хозяева Олимпиады, стала организация питания зрителей на стадионах, в особенности на удаленных от центра города объектах. Исполнительный директор МОК по проведению Олимпиады-2008 Жильбер Фелли признался, что на нескольких стадионах в первые дни соревнований оказалось недостаточно еды. Объяснились эти сложности невозможностью оценить зрительские аппетиты. "Одни приходят голодные, другие заходят в буфет лишь перекусить... Оценить это довольно сложно, но оргкомитет прилагает все усилия, чтобы исправить ситуацию",— пояснил Жильбер Фелли.
Национальный олимпийский комитет Брунея не успел подать заявку на участие в Играх своих спортсменов. Срок подачи документов истекал в полдень 8 августа. По словам пресс-атташе МОК Эммануэля Моро, комитет пытался убедить Бруней оформить заявку, но его усилия к успеху не привели. За эту оплошность 21 августа султан Брунея Хассанал Болкиах отправил в отставку министра спорта Белию дан Сукана.
ПАРУСНЫЙ СПОРТ С конца мая в акваторию порта города Циндао, где должна была проводиться парусная регата, начало заносить течением большое количество водорослей, и к 23 июня ими оказалась покрыта уже вся акватория. Чтобы не допустить срыва соревнований, к 14 июля по приказанию властей акватория была очищена усилиями 10 тыс. бойцов Народной освободительной армии Китая.
Несколько организационных скандалов связаны непосредственно с церемонией открытия Олимпийских игр. Во время репетиции шоу 27 июля одна из самых известных исполнительниц китайских традиционных танцев Лю Янь упала с движущейся платформы высотой 10 м и получила перелом позвоночника.
Незадолго до начала Игр права транслировать церемонию открытия по решению оргкомитета Олимпиады был лишен южнокорейский телеканал CBS, показавший съемку одной из генеральных репетиций церемонии.
В ходе открытия Игр 8 августа "Оду родине" исполняла не стоявшая на стадионе с микрофоном девятилетняя Линь Мяокэ, а скрытая за сценой семилетняя Ян Пэйи. По словам музыкального директора церемонии Чэнь Цигана, организаторы Игр пошли на подмену, поскольку у настоящей певицы менее привлекательная внешность.
55-секундные фейерверки, показанные в телетрансляции и на огромных экранах "Птичьего гнезда", как позднее признался оргкомитет, были всего лишь компьютерными спецэффектами.
ТЕННИС На проведение теннисного турнира организаторы Игр отвели семь дней, в течение которых некоторые игроки были вынуждены провести по 11 матчей. Федерация тенниса России добилась продления женского турнира на один день, но российской теннисистке Динаре Сафиной все равно пришлось провести 3 игры в течение 20 часов.
Из-за тяжелых климатических условий, в которых проводился турнир (участники жаловались на жару и повышенную влажность), Женская теннисная ассоциация разрешила теннисисткам в случае необходимости брать не предусмотренные регламентом десятиминутные перерывы.
ПРЫЖКИ С ШЕСТОМ Во время соревнований по прыжкам с шестом 18 августа тубусы с шестами были собраны у участниц и сложены на специальную тележку. Бразильская прыгунья Фабиана Мюрер перед очередной попыткой не смогла найти свой шест. Попытки организаторов обнаружить его в тубусах других участниц успехом не увенчались. Прыгунья, показывавшая в этом году результат 4,80 м и считавшаяся одной из претенденток на медаль, в итоге не смогла взять промежуточную высоту 4,65 м и оказалась в общем зачете только десятой. "Я возмущена организацией. Это просто абсурд — потерять спортивный снаряд атлета на соревнованиях такого уровня. Никогда больше не вернусь в Китай",— заявила Фабиана Мюрер, указав, что обычно спортсмены сами носят свои шесты. Американка Дженнифер Стучински, взявшая 4,80 м, завоевала серебро.
Вечером 24 августа тысячи местных жителей и туристов пришли на улицу Ванфуцзин в центре Пекина, чтобы посмотреть церемонию закрытия Игр на установленном здесь огромном экране, на который 7 августа транслировалось открытие Игр. Однако 24 августа собравшиеся обнаружили черный экран и вежливых полицейских, настойчиво просивших всех разойтись. Официально о причинах отмены трансляции не сообщалось, но, по информации разных источников, речь шла либо о технических проблемах, либо об усилении мер безопасности в городе.
Передавая на церемонии закрытия Игр 24 августа олимпийскую эстафету следующей столице летних Игр — Лондону, Пекин обеспечил XXX Играм и первый скандал. Во время видеопрезентации следующей олимпийской столицы на экране в сюжете о лондонских галереях промелькнуло изображение Миры Хиндли, осужденной в середине 1960-х годов на три пожизненных срока за убийство четырех детей. Портрет работы художника Майкла Харви, составленный из отпечатков пальцев детей, был впервые показан в Королевской академии в 1997 году, но вызвал неоднозначную реакцию, привел к отставке четырех членов академии, подвергся нападению вандалов и был убран из экспозиции. Однако это до сих пор не мешало туристической службе "Посетите Лондон", готовившей пекинский ролик, использовать изображение, рекламируя приезжим достопримечательности британской столицы. В ответ на поднявшуюся волну возмущения правительство Великобритании и мэр Лондона Борис Джонсон принесли извинения и дали понять, что больше ролик демонстрироваться не будет.
Организаторы Олимпиады оказались не в силах обеспечить быстрый отъезд всех гостей после закрытия Игр 25 августа. Многие российские спортсмены, болельщики, а также звезды эстрады и кино, отправившиеся в Пекин в группе поддержки олимпийцев, перед вылетом более трех часов провели в самолете из-за проблем с "проверкой багажа".