Следственный комитет начал работу 7 сентября 2007 года. В ноябре стало известно, что Генпрокуратура разработала законопроект, предусматривающий изъятие у комитета и передачу подконтрольным ей органам дознания расследование преступлений небольшой и средней тяжести (60% всех дел). Также предлагалось ввести упрощенную процедуру рассмотрения этих дел.
В декабре замгенпрокурора Виктор Гринь издал приказ о проведении проверки комитета для выявления недостатков в его деятельности. Позже проверка была перенесена на весну. Александр Бастрыкин назвал эти решения тенденциозными и нацеленными "на поиск компрометирующих фактов". Одновременно в 2007 году Генпрокуратура безуспешно пыталась оспорить арест высокопоставленного сотрудника Госнаркоконтроля Александра Бульбова и отменила постановление следствия о возбуждении второго уголовного дела против замминистра финансов Сергея Сторчака.
31 января 2008 года на Всероссийском совещании следственных органов глава следственного комитета Александр Бастрыкин поддержал инициативу об упрощенном расследовании нетяжких преступлений, но потребовал передать такие полномочия своему ведомству. На том же совещании генпрокурор Юрий Чайка указал, что с сентября прокуроры выявили 23 тыс. случаев необоснованных отказов следователей в возбуждении уголовных дел. "Не может быть, чтобы их профессионализм резко улетучился",— заявил он. Позже господин Чайка неоднократно высказывал критику в адрес комитета, указывая, в частности, на более чем 50-процентный рост количества нераскрытых преступлений.