С декабря 2003 года, когда выборы в парламенты субъектов федерации стали проводиться по партийным спискам, Аграрная партия приняла участие в 37 региональных выборах из 96. Партии удалось 27 раз преодолеть избирательный барьер. Кроме того, аграрии дважды участвовали в выборах в Госдуму, но не смогли преодолеть избирательный барьер. В 2003 году партия получила 3,64% голосов, в 2007 году — 2,3%.
Всего партии удалось провести 86 депутатов в 23 региональных парламента. Четырнадцать депутатов — в Новосибирской (список получил 13,43% голосов), восемь — в Брянской (18,57% голосов) областях, семь — в Дагестане (9,12%), шесть — в Адыгее (11,25%), по пять — в Кабардино-Балкарии (8,56%) и Кировской области (7,75%), по четыре — в Марий Эл (11,85%) и Сахалинской области (19,94%), по три депутата — в Калмыкии (7,69%), Читинской (12,32%), Тульской (10,26%), Иркутской (9,33%) областях, в Якутии (8,53%) и Республике Алтай (10,41%), по два — в Костромской (11,64%), Вологодской (9,38%), Оренбургской (6,42%), Курганской (8,29%), Рязанской (10,05%) и Тамбовской (6,60%) областях, по одному депутату — в Северной Осетии (3,76%), Тверской (5,16%) и Владимирской (6,54%) областях.