По данным ФНС, в первом полугодии 2008 года налоговые органы отказали в возмещении НДС на 78 млрд руб. За это время арбитражные суды признали необоснованными решения органов ФНС в отказе возмещения на 30 млрд руб. Таким образом, как следует из графика, абсолютные суммы "спорного" НДС продолжают расти вместе со сборами налога. Материалы к бюджетной стратегии Минфина до 2023 года подтверждают, что несмотря на изменения законодательства об администрировании и оптимистичные утверждения чиновников об улучшении практики этого процесса, доля отказов и процент отсуживаемых налогоплательщиками сумм по отношению к заявленным к возмещению остаются неизменными. Так, в 2007 году при затребованных к возмещению 1262 млрд руб. ФНС отказала в возврате 117 млрд руб., что составляет 9,3% от заявленной суммы. В 2006 году доля отказов составляла 9,2%, в 2005 году — 9,1%.
Стабильной остается и доля возмещения НДС через решения арбитражных судов. В 2007 году и в первой половине 2008-го этот показатель составлял 4% от заявленной к возврату суммы. В 2003-2005 годах он колебался от 3,2% до 3,8%. Из этой тенденции выпал только 2006 год, когда под воздействием "эффекта ЮКОСа" суды вернули налогоплательщикам лишь 1,8% от ранее заявленных к возмещению сумм. Неизменность ситуации с возвратом НДС подталкивает Минэкономики и объединения предпринимателей к выводу, что проблему отказов можно решить только с помощью кардинального снижения ставки. По их мнению, при 12-процентном налоге противоправные схемы возврата станут нерентабельными, и это резко сократит объемы отказов и количество судебных споров.
Впрочем, на фоне нынешнего ухудшения ситуации в экономике у предпринимателей, уже слабо верящих в возможность снижения ставки, возникли новые опасения. Задерживаемые к возврату деньги фактически являются бесплатным кредитным ресурсом для бюджета. Хотя согласно Налоговому кодексу, на возмещение этих средств должно уходить не более четырех месяцев, налоговики никогда не укладываются в этот срок — задержка составляет от двух месяцев до полугода. Не исключено, что в условиях кризиса ликвидности ФНС будет дана команда придержать переплаченные в бюджет деньги.