15 ноября 2007 года сотрудниками ФСБ и следственного комитета при Генпрокуратуре задержаны заместитель министра финансов Сергей Сторчак, председатель совета директоров Межрегионального инвестиционного банка Вадим Волков и руководитель ЗАО "Содэксим" (компании-клиента банка) Виктор Захаров. Их обвинили в покушении на хищение денежных средств мошенническим путем в особо крупном размере. По версии следствия, при реструктуризации долга Алжира РФ Сергей Сторчак, курировавший этот вопрос в Минфине, завысил на $43,4 млн сумму, которая должна была быть выплачена "Содэксиму" (эта компания в 2006 году выкупила часть алжирского долга) через Межрегиональный инвестиционный банк.
16 ноября Басманный суд Москвы арестовал задержанных. Впоследствии суд трижды — 8 апреля, 3 июля и 30 сентября 2008 года — продлевал срок ареста Сергея Сторчака, последний раз — до 15 ноября 2008 года. 23 ноября трем фигурантам дела предъявлено официальное обвинение. 17 декабря следствие также предъявило обвинение члену совета директоров Межрегионального инвестиционного банка Игорю Круглякову. 6 октября 2008 года его дело выделили в отдельное производство.
3 декабря стало известно о возбуждении против господина Сторчака второго уголовного дела — о превышении полномочий в ходе урегулирования долга СССР Кувейту. 5 декабря заместитель генпрокурора Виктор Гринь отменил постановление о возбуждении "кувейтского" дела как необоснованное.
23 апреля 2008 года стало известно о смене руководителя следственной группы. Валерий Хомицкий отказался от руководства следствием по "делу Сторчака" в связи с "большой загруженностью по другим уголовным делам". Его сменил Анатолий Исканцев, в свое время расследовавший нападение на Буденновск в 1995 году.
6 октября Сергею Сторчаку, Вадиму Волкову и Виктору Захарову предъявили обвинения в окончательной редакции. Помимо покушения на мошенничество, господина Сторчака обвинили также в злоупотребление должностными полномочиями. 16 октября объявлено о завершении следствия.