25 ноября 1998 году ГТК получил в залог от компании "Медиа-Мост" 2% ее акций в качестве гарантии погашения $42 млн долгов Мост-банка. Счетная палата после проверки в 2001 году пришла к выводу, что стоимость "Медиа-Моста" была сильно переоценена и государство оказалось в убытке. Господин Драганов заявил, что в сделке не было ничего противозаконного.
13 марта 1999 года Валерий Драганов был отправлен в отставку. "Независимая газета" одной из причин назвала слухи о том, что таможенник получил взятки от компаний "Крокус Интернэшнл" и Philip Morris, а его сын занимается незаконной растаможкой. Господин Драганов обвинения отверг и сказал, что причина его увольнения — политическая неангажированность.
В июле 2003 года ежемесячник "Совершенно секретно" сообщил, что господин Драганов, возможно, препятствовал огласке материалов дела об убийстве в 1997 году гендиректора ФК "Спартака" Ларисы Нечаевой. Валерий Драганов на публикацию не отреагировал.
6 сентября 2005 года господин Драганов стал одним из инициаторов внесения в Думу законопроекта, запрещавшего деятельность мелких игровых точек. Ряд СМИ писали, что проект внесен в интересах крупного игорного бизнеса, а депутат Александр Лебедев заявил, что его авторы таким образом мешают принятию более жесткого закона и получили за это "неплохие бабки". Впоследствии соавтор законопроекта Владимир Мединский отсудил у господина Лебедева 30 тыс. руб. за клевету. В итоге Госдума приняла президентский законопроект, согласно которому весь игровой бизнес переводится в специальные резервации.