В апреле 2002 года генерал-майор ФСБ Мурат Зязиков был избран президентом Ингушетии, набрав в двух турах 19,4 и 53% голосов. При этом за день до первого тура с выборов был снят один из основных кандидатов — протеже экс-президента республики Руслана Аушева глава МВД региона Хамзат Гуцериев. Его уличили в нарушении правил агитации.
При президенте Зязикове Ингушетия стабильно входила в число регионов-рекордсменов по поддержке Кремля на выборах. Так, в 2004 году в республике за Владимира Путина голоса отдали 98,18% избирателей, в этом году за Дмитрия Медведева — 91,66%. На думских выборах 2007 года "Единая Россия" получила 98,72% (второе в РФ место после Чечни) при явке 98%. Однако позже оппозиция провела акцию "Я не голосовал", собрав более 80 тыс. подписей жителей республики (54% избирателей), утверждавших, что они не ходили на выборы.
С осени 2003 года обстановка в Ингушетии начала обостряться, постоянно стали происходить теракты, похищения и убийства чиновников и милиционеров. Самым крупным терактом стало нападение боевиков на ряд объектов в ночь на 22 июня 2004 года. Погибло 79 человек, около 100 получило ранения.
6 апреля 2004 года на автодороге Назрань--Магас на господина Зязикова было совершено покушение. Смертник в заминированных "Жигулях" взорвался рядом c президентским Mercedes 600, броня которого спасла президента.
1 сентября 2004 года одним из первых требований террористов, захвативших школу N 1 в Беслане, было прибытие на место событий Мурата Зязикова. Ингушский президент в Беслане не появился, заявив в интервью "Ъ": "Меня пытаются втянуть в это. Но я вплотную этим не занимаюсь". Из 1120 заложников погиб 331. Расследование показало, что лагерь боевиков находился на территории Ингушетии.
В марте 2007 года боевики похитили дядю президента 79-летнего Урусхана Зязикова, который провел в плену полгода.
31 августа этого года при невыясненных обстоятельствах погиб один из лидеров ингушской оппозиции — владелец сайта "Ингушетия.ру" Магомед Евлоев. Он прилетел в республику на одном самолете с президентом, после чего был задержан и "случайно" застрелен в милицейской машине.