С момента убийства первого заместителя председателя ЦБ Андрея Козлова до вердикта присяжных прошло 776 дней.
13 сентября 2006 года в Москве у спорткомплекса "Спартак" на улице Олений Вал совершено покушение на первого заместителя председателя ЦБ Андрея Козлова. Его водитель погиб на месте. Чиновник, получивший два пулевых ранения в голову, скончался в реанимации в 5.30 утра следующего дня. 15 сентября президент Владимир Путин провел совещание по расследованию убийства с руководителями силовых ведомств и ЦБ. 20 сентября расследование передано в Генпрокуратуру.
16 октября 2006 года Генпрокуратура сообщила о задержании предполагаемых исполнителей убийства. Ими оказались граждане Украины Алексей Половинкин, Максим Прогляда и Александр Белокопытов. По версии следствия, первый стрелял в Козлова и поддерживал связь с посредником, второй застрелил водителя, а третий помог киллерам скрыться с места убийства. В обмен на согласие сотрудничать со следствием, всем им была оформлена явка с повинной. 5 декабря генпрокурор Юрий Чайка объявил о раскрытии убийства. В декабре под стражу взяли предполагаемых посредников — владельца холдинга "Русь-Алмаз" Бориса Шафрая и уроженца Винницкой области Украины Богдана Погоржевского.
10 января 2007 года арестована третья посредница — владелица ресторана "Триш" Лиана Аскерова. На допросе она назвала имя заказчика убийства — бывшего председателя правления ВИП-банка Алексея Френкеля. 11 января Френкель был задержан. 17 января ему предъявлено обвинение в организации убийства Андрея Козлова. По версии следствия, мотивом убийства стала месть: в июне 2006 года первый зампред ЦБ принял решение об отзыве лицензии у ВИП-банка. Сам банкир заявил, что показания Аскеровой — оговор, и связал свое задержание с "провокацией Центробанка", с которым судился из-за отзыва лицензии.
В январе-феврале 2007 года в СМИ были опубликованы три открытых письма Алексея Френкеля о коррупции в ЦБ. В первом он описывал злоупотребления в системе банковского надзора, во втором — взятки при отборе банков в систему страхования вкладов, в третьем обвинил руководителей ЦБ в лоббировании интересов конкретных банковских групп.
4 апреля Лиана Аскерова отказалась от показаний, указав в протоколе допроса, что фамилию Френкеля ей "продиктовали для явки с повинной следователи". 5 апреля Алексею Френкелю предъявлено обвинение в окончательной редакции по статье "Организация убийства в составе организованной группы" (ст. 105 ч. 2).
22 мая Генпрокуратура завершила расследование, выделив в отдельное производство дело еще одного соучастника преступления Андрея Космынина, объявленного в розыск. Обвиняемые начали знакомиться с материалами 59-томного дела.
24 января 2008 года заместитель генпрокурора Виктор Гринь утвердил обвинительное заключение и направил дело в Мосгорсуд. 5 февраля начался процесс, который по требованию Френкеля и других подсудимых проходил с участием присяжных. 25 марта по настоянию гособвинения суд был закрыт для публики по соображениям безопасности.
Рассмотрение дела было отмечено рядом скандалов. Алексея Френкеля несколько раз отстраняли от участия в процессе за "некорректное поведение". Он два раза сидел в карцере и объявлял голодовку с требованием вернуть ему изъятые записи для подготовки к выступлению в суде. Кроме того, Френкель обращался с заявлением к председателю следственного комитета при прокуратуре, главе администрации президента, председателю Верховного суда и генпрокурору, обвинив судью Наталью Олихвер и представителей гособвинения в преступном сговоре с целью незаконного привлечения его и других подсудимых к уголовной ответственности. Из коллегии присяжных были выведены четверо: один — по подозрению в подкупе запасных заседателей, двое — за распитие пива в общественном месте, четвертая — за разговоры на улице с неизвестными людьми.
13 октября судебное следствие завершено. 28 октября присяжные признали всех обвиняемых виновными.